将部分水库填满做农耕地是违法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
违反水资源保护法：
- 水库作为重要的水资源储存和调节设施，其保护和管理受到法律的严格规范。根据《中华人民共和国水法》等相关法律法规，任何单位和个人不得擅自改变水库的用途，包括填满水库做农耕地。这种行为会破坏水库的蓄水功能，影响水资源的合理利用和保护。
违反土地管理法：
- 土地的使用和管理也受到法律的严格约束。根据《中华人民共和国土地管理法》，土地的使用应当符合土地利用总体规划，不得擅自改变土地用途。将水库填满做农耕地，实际上是在改变土地用途，且可能涉及非法占用土地的行为，这是违法的。
二、环境角度
破坏生态环境：
- 水库作为生态系统的重要组成部分，其存在对于维护区域生态平衡具有重要意义。填满水库做农耕地会破坏水库的生态环境，影响水生生物的生存和繁衍，进而对整个生态系统造成负面影响。
引发水土流失等问题：
- 填满水库做农耕地还可能引发水土流失、地质灾害等问题。水库的蓄水功能有助于减缓水流速度，减少水土流失。而填满水库后，这一功能将丧失，可能导致周边地区的水土流失加剧，甚至引发滑坡、泥石流等地质灾害。
三、实际后果角度
面临法律责任：
- 擅自填满水库做农耕地的行为，一旦被发现，将面临法律的制裁。相关责任人可能需要承担行政责任，如罚款、责令恢复原状等；情节严重的，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
经济损失：
- 除了法律责任外，擅自填满水库做农耕地还可能导致经济损失。一方面，填满水库需要投入大量的人力、物力和财力；另一方面，一旦行为被认定为违法，相关投入将可能化为乌有，甚至还需要承担额外的赔偿责任。
建议与提醒：
- 如果您有农耕地的需求，应当通过合法途径获取土地，如承包、租赁等。
- 在进行任何土地利用活动时，都应当遵守相关法律法规，确保活动的合法性和合规性。
- 如果您对土地利用方面的法律法规不了解，建议咨询专业律师或相关部门，以获取准确的法律信息和建议。
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