结论前置：企业租用农民耕地搞永久性建筑物，一般情况下是违法的，具体处置方式需根据实际情况判断。以下是详细分析：
违法性分析：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，耕地是用于农业生产的土地，未经依法批准，不得擅自改变其用途。企业租用农民耕地后，在上面搞永久性建筑物，如厂房、住宅等，显然改变了耕地的农业用途，违反了土地管理法的规定。
- 此外，如果企业未取得建设工程规划许可证或其他相关审批手续，擅自进行建设活动，还可能违反《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规。
处置方式：
- 行政处罚：对于违法占用耕地进行建设的行为，土地管理部门有权责令停止建设、限期拆除或者没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以处以罚款。
- 恢复原状：除了行政处罚外，违法者还可能需要承担恢复土地原状的责任，即将被破坏的耕地恢复至可耕种状态。
- 刑事责任：在严重情况下，如违法占用耕地数量较大或者造成耕地大量毁坏的，还可能构成非法占用农用地罪，依法追究刑事责任。
特殊情况考虑：
- 如果企业租用耕地后，经过合法程序（如取得土地使用权变更手续、建设工程规划许可证等）进行建设活动，那么这种行为就是合法的。但这种情况较为少见，且需要满足一系列严格的法律条件。
建议与提醒：
- 企业在进行任何建设活动前，都应确保已取得所有必要的法律手续和审批文件，以避免违法风险。
- 农民在出租耕地时，也应了解相关法律法规，确保自己的权益不受侵害，并监督承租方是否合法使用土地。
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