若短信骚扰者明确且其行为已对公司正常经营造成干扰，可采取以下措施处理：

1. 固定证据
   首先需保存所有骚扰短信的截图或录屏（包括发送时间、号码、内容），若可能，通过运营商调取短信发送记录（如IP地址、设备信息等）。若骚扰者通过伪基站发送，可联系当地无线电管理机构协助定位。

2. 向运营商投诉
   联系短信所属运营商（如移动、联通、电信），要求对骚扰号码进行封停处理。根据《电信条例》，运营商有义务对恶意骚扰行为采取技术措施。

3. 报警处理
   若骚扰内容涉及威胁、侮辱、诽谤或泄露商业秘密，可向公安机关报案。根据《治安管理处罚法》第四十二条，多次发送淫秽、侮辱、恐吓或其他信息干扰他人正常生活的，可处五日以下拘留或五百元以下罚款；情节较重的，处五日以上十日以下拘留，可并处五百元以下罚款。

4. 民事索赔
   若骚扰行为导致公司名誉受损或经济损失（如客户流失、业务中断），可依据《民法典》第一千零二十四条（名誉权）或第一千一百六十五条（侵权责任）向法院起诉，要求赔偿损失并公开道歉。

若骚扰者身份不明或难以定位，可采取以下补充措施：

• 委托律师向法院申请《调查令》，要求运营商或第三方平台提供发送者实名信息；
  
• 若涉及网络平台（如短信通过某APP发送），可依据《网络安全法》要求平台协助调查；
  
• 发布公开声明，澄清骚扰行为与公司无关，降低负面影响。

预防性建议：

• 对公司核心号码设置短信过滤功能（如关键词拦截）；
  
• 定期对员工进行反骚扰培训，避免回复或激化矛盾；
  
• 考虑使用虚拟号码作为对外联系号码，降低真实信息泄露风险。

如有进一步细节（如骚扰内容、频率、是否涉及商业竞争等），可随时补充说明，我将为您定制更具体的应对方案。