三人签订的还款协议，在符合一定条件下，是可以申请分别执行的。以下从不同角度为您详细分析：
一、分别执行的可能性与条件
协议内容明确：
- 若三人签订的还款协议中明确约定了各自应承担的还款份额、还款期限以及违约责任等，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么当一方或两方未按照协议履行还款义务时，另一方或守约方有权依据协议约定，就未履行部分向违约方主张权利，并申请分别执行。
法律程序支持：
- 在诉讼或仲裁过程中，如果法院或仲裁机构认定还款协议有效，且违约事实清楚，那么守约方可以依据生效的法律文书（如判决书、裁决书）向法院申请强制执行。在执行阶段，如果协议内容允许分别执行，且执行标的（如金钱、财物等）可以明确区分，那么法院通常会支持分别执行的申请。
二、分别执行的具体操作
申请执行：
- 守约方需要向有管辖权的法院提交执行申请，并提供生效的法律文书、还款协议以及违约方的财产线索等材料。
执行程序：
- 法院在受理执行申请后，会依法对违约方的财产进行查封、扣押、冻结等措施，并按照协议约定的份额进行分配或执行。如果违约方无财产可供执行，法院可能会裁定中止执行或终结本次执行程序，但守约方仍享有在发现违约方有财产时恢复执行的权利。
三、注意事项与风险提示
协议效力：
- 在签订还款协议时，务必确保协议内容合法、有效，且各方意思表示真实。如果协议存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），那么分别执行的申请可能会被法院驳回。
执行风险：
- 即使还款协议有效且违约事实清楚，执行过程中仍可能面临各种风险，如违约方无财产可供执行、财产转移或隐匿等。因此，在申请执行前，守约方应尽可能收集违约方的财产线索，并咨询专业律师以制定合理的执行策略。
法律程序：
- 分别执行需要遵循严格的法律程序，包括申请执行、提供证据、参与执行听证等。如果守约方不熟悉法律程序或无法提供充分的证据支持其申请，那么分别执行的申请可能会受到阻碍。
四、建议与措施
完善协议内容：
- 在签订还款协议时，应明确约定各方应承担的还款份额、还款期限、违约责任以及争议解决方式等条款，以确保协议的有效性和可执行性。
及时申请执行：
- 一旦发现违约方未按照协议履行还款义务，守约方应及时向法院申请强制执行，以避免因拖延时间而增加执行难度和风险。
咨询专业律师：
- 在签订还款协议、申请执行以及处理执行过程中遇到的问题时，守约方应咨询专业律师以获取法律建议和支持。
如果您在三人签订的还款协议执行过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。