房屋已过户给甲方，但甲方居住期间的协议在去世后是否生效，这主要取决于协议的具体内容、性质以及是否符合相关法律规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 协议性质与内容

• 如果协议是附条件的生效条款：例如，协议中明确规定“甲方在居住期间享有某项权利，但该权利在甲方去世后自动终止或转移给某方”，那么该条款在甲方去世后，会根据协议的具体约定来生效或失效。
• 如果协议是遗嘱性质：若协议实际上构成了遗嘱的一部分，即甲方通过协议形式对其去世后的财产分配做出了安排，那么该协议在甲方去世后，会按照遗嘱的相关法律规定来执行。但需要注意的是，遗嘱通常需要满足一定的形式要件（如书面形式、签名等）和实质要件（如遗嘱人具有完全民事行为能力、遗嘱内容合法等）才有效。
• 如果协议是普通合同：若协议只是甲方在居住期间与某方（如乙方）就房屋使用、管理或其他事项达成的普通合同，且合同中未对甲方去世后的情况做出特别约定，那么该合同在甲方去世后，其法律效力可能会受到影响。一般来说，合同的权利义务会随着合同一方的死亡而终止，除非合同中有特别约定或法律另有规定。

2. 法律规定

• 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定：民事法律行为自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。对于涉及财产分配、权利转移等事项的协议，如果符合法律规定的生效要件（如行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定等），则该协议在成立时即生效。但协议中关于甲方去世后的条款，其生效时间可能会受到协议具体约定和法律规定的影响。
• 如果协议涉及遗产分配：那么还需要考虑《中华人民共和国民法典》中关于继承的规定。例如，遗嘱继承需要满足遗嘱的形式要件和实质要件；法定继承则需要按照法律规定的顺序和份额进行分配。

3. 实际操作建议

• 审查协议内容：首先，需要仔细审查协议的具体内容，特别是关于甲方去世后的条款，以确定其性质和法律效力。
• 咨询专业律师：如果协议内容复杂或存在争议，建议咨询专业律师进行法律分析和建议。律师可以根据协议的具体内容和相关法律规定，为你提供准确的法律意见。
• 考虑遗嘱或继承规划：如果甲方希望对其去世后的财产分配做出明确安排，可以考虑制定遗嘱或进行继承规划。这可以确保甲方的意愿得到准确执行，并减少家庭内部的纠纷和矛盾。

总结来看：房屋已过户给甲方后，甲方居住期间的协议在去世后是否生效，取决于协议的具体内容、性质以及是否符合相关法律规定。如果协议中有明确约定或构成遗嘱的一部分，且符合法律规定的生效要件，则该协议在甲方去世后可能会生效。但具体情况还需要根据协议内容和相关法律规定进行具体分析。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。