用人单位在职期间是可以与员工签订保密协议的，这是合法且常见的做法。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条以及《中华人民共和国劳动法》第二十二条的规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。这意味着，从法律层面来讲，用人单位有权要求员工在职期间签署保密协议，以保护其商业秘密不被泄露。
二、保密协议的内容
保密协议通常应包含以下几个关键方面：
保密信息的定义：明确界定哪些信息属于保密范围，如技术信息、经营信息等商业秘密。这有助于员工清楚了解哪些信息需要保密。
保密义务：规定劳动者在任职期间及离职后一定期限内，不得泄露、使用或允许他人使用保密信息。这是保密协议的核心内容，旨在确保员工不会将公司的商业秘密泄露给第三方。
保密期限：设定保密协议的有效期，可以是固定期限，也可以是至保密信息公开或不再具有商业价值时止。这有助于明确员工需要承担保密义务的时间范围。
违约责任：明确劳动者违反保密协议应承担的法律责任，包括赔偿损失、支付违约金等。这有助于增强保密协议的约束力，确保员工能够认真履行保密义务。
三、签订保密协议的注意事项
在签订保密协议时，用人单位和员工都需要注意以下几点：
自愿平等原则：保密协议的签订应遵循自愿、平等的原则，不得强迫劳动者签订。双方应在平等协商的基础上达成一致意见。
明确合理：保密协议的内容应明确、具体，且不得过分限制劳动者的合法权益。例如，竞业限制的范围、地域、期限等应合理设定，不得滥用权利。
经济补偿：对于需要劳动者履行竞业限制义务的，用人单位应在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。这是为了平衡用人单位和员工的利益，确保员工在履行保密义务的同时不会受到过大的经济损失。
四、保密协议的作用
签订保密协议对于用人单位和员工都具有重要意义：
保护商业秘密：通过签订保密协议，用人单位可以有效保护自身的商业秘密不被泄露，维护企业的核心竞争力。
规范员工行为：保密协议可以明确劳动者的保密义务和责任，规范员工的行为，减少因员工离职等原因导致的商业秘密泄露风险。
法律保障：一旦发生商业秘密泄露事件，用人单位可以依据保密协议追究违约者的法律责任，维护自身的合法权益。
综上所述，用人单位在职期间是可以与员工签订保密协议的，这是合法且必要的做法。在签订保密协议时，双方应遵循自愿平等原则，明确协议内容，并保障协议的合法有效。