实习手册原则上不建议盖两家公司的章，但在特定情况下可能被允许。具体分析如下：

1. 实习协议与学校要求的合规性
   实习手册通常需与实习协议、学校实习要求保持一致。若学校明确要求实习单位唯一性（如实习协议中约定“不得同时于其他单位实习”），则盖两家公司章可能违反协议条款，导致学校不认可实习有效性。此时需优先遵守学校规定，避免影响学分或毕业资格。

2. 实习内容与时间的实际冲突
   若两家公司实习时间重叠，可能涉及“同时于两家单位工作”的法律风险。根据《劳动合同法》，劳动者需与用人单位建立唯一劳动关系（非全日制用工除外）。虽实习生不适用劳动关系，但同时实习可能被质疑“未真实履行实习职责”，影响实习评价或法律责任认定。

3. 特殊情况下的例外处理
   若因客观原因（如原实习单位提前终止实习）需更换公司，可与学校沟通后，在实习手册中补充说明情况，并加盖新公司章。此时需确保：

   • 原实习单位出具终止证明；
     
   • 新实习单位与原实习内容具有关联性（如同行业、同岗位）；
     
   • 学校书面同意变更实习单位。

建议行动步骤：

1. 查阅实习协议及学校《实习管理办法》，确认是否允许更换实习单位；
   
2. 若允许，需原单位出具终止证明，并与新单位签订补充实习协议；
   
3. 同步向学校提交变更申请，附相关证明材料；
   
4. 避免自行在实习手册中加盖两家公司章，防止因程序违规导致实习无效。
   

若仍有疑问，可进一步说明具体情况，我将为你提供针对性分析。