返还多支付工程款是有诉讼时效的，具体分析如下：

一、诉讼时效期间

1. 基本规定：根据《民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，一旦发现多付了工程款，权利人需要在知道或者应当知道自己权利受到损害之日起的三年内提起诉讼，以维护自己的合法权益。例如，若付款方在发现多付工程款的当天，诉讼时效就开始计算。
2. 最长保护期限：自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院一般不予保护。但如有特殊情况，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

二、诉讼时效的中断与重新计算

在三年的诉讼时效期间内，如果存在以下特定情形，会导致诉讼时效中断，并从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：

1. 权利人向义务人提出履行请求：例如，债权人向债务人发送催款函要求其返还多付的工程款。
2. 义务人同意履行义务：如债务人书面承诺会归还多付的款项。
3. 权利人提起诉讼或者申请仲裁：通过法律途径正式主张权利。
4. 其他具有同等效力的情形：与提起诉讼或申请仲裁具有同等法律效力的其他行为。

三、诉讼时效的中止

在某些特殊情况下，如权利人因正当理由（如生病、被限制人身自由等）无法及时提起诉讼，可能导致诉讼时效的中止。中止事由消除后，诉讼时效期间继续计算。

四、实际操作建议

1. 及时主张权利：鉴于多付工程款的追讨时效问题涉及复杂的法律规定和实际操作流程，建议权利人在发现权益受损后尽快采取措施主张权利，避免因超过诉讼时效而面临败诉风险。
2. 保留证据：在主张权利的过程中，务必保留好相关证据，如付款凭证、合同、催款函等，以便在诉讼中证明自己的主张。
3. 寻求专业帮助：如果权利人对诉讼时效问题存在疑问或不确定如何操作，可以寻求专业律师的帮助。律师将根据具体情况制定最佳的诉讼策略和时间安排，以确保权利人的合法权益得到有效保障。

举例说明：假设小张与小李签订了一份工程合同，工程结束后小张多付了工程款给小李。一段时间后，小张发现自己多付了款项，此时小张应在知道多付事实之日起的三年内提起诉讼要求小李返还多付的工程款。如果在这三年内，小张向小李提出了履行请求或者小李同意履行义务等，诉讼时效会中断并重新计算。但如果自权利受到损害之日起超过二十年，人民法院一般不予保护，除非有特殊情况并依申请延长。

综上所述，返还多支付工程款是有诉讼时效的，权利人应在知道或应当知道权利受损之日起的三年内提起诉讼，并注意诉讼时效的中断、中止及延长等特殊情况。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。