当中标后的施工合同主要条款发生实质性变更时，中标人可以采取以下措施来维权：

一、理解实质性变更的法律含义

首先，中标人需要明确什么是合同的“实质性变更”。根据《中华人民共和国招标投标法》及相关司法解释，合同的实质性条款通常包括合同标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、履行地点和方式、违约责任和解决争议方法等。如果这些条款在合同执行过程中被变更，且未经双方协商一致，就构成了合同的实质性变更。

二、核实变更的合法性

中标人应仔细审查合同变更的过程和内容，确认变更是否经过了合法的协商和签署程序。如果变更未经双方同意，或者变更的内容违反了招标文件和中标文件的规定，那么这种变更就是非法的。

三、收集证据

为了维护自己的权益，中标人需要收集相关证据，包括但不限于：

1. 原始合同文件：包括招标文件、中标通知书、原施工合同等。
2. 变更通知或协议：如果存在变更，应收集变更通知或变更协议，并分析其合法性。
3. 沟通记录：包括与招标人或相关方的邮件、短信、会议记录等，以证明变更过程和双方的态度。
4. 其他相关证据：如工程进度报告、质量检测报告等，以证明变更对工程的影响。

四、与招标人协商

在收集到足够证据后，中标人可以尝试与招标人进行协商，寻求合理的解决方案。协商过程中，中标人应坚持自己的立场，明确指出变更的非法性和对自己权益的损害，要求招标人恢复原合同条款或给予相应的补偿。

五、寻求法律救济

如果协商无果，中标人可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。具体步骤包括：

1. 咨询专业律师：寻求具有建设工程施工合同纠纷处理经验的律师的帮助，了解自己的法律权益和可能的维权途径。
2. 提起诉讼或仲裁：根据合同约定或法律规定，选择向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，中标人需要提交相关证据，证明变更的非法性和对自己权益的损害。
3. 执行判决或裁决：如果法院或仲裁机构支持中标人的诉求，中标人需要按照判决或裁决的要求执行，以维护自己的合法权益。

六、关注司法实践动态

由于“实质性内容不一致”的认定在司法实践中仍是一个难点问题，中标人应关注相关司法实践动态和裁判规则的变化，以便更好地维护自己的权益。

综上所述，当中标后的施工合同主要条款发生实质性变更时，中标人应通过理解法律含义、核实变更合法性、收集证据、与招标人协商、寻求法律救济以及关注司法实践动态等步骤来维护自己的权益。