综合工时制下，加班的工时用于抵欠的工时，这一做法是否合法，需结合具体情况与法律规定来综合判断，但通常情况下，直接抵欠并不完全符合法律精神。以下从不同角度进行详细分析：

1. 综合工时制的定义与特点

综合工时制，是指用人单位因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需安排职工连续作业，无法实行标准工时制度，而采用以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间的一种工时制度。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但整个综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超出部分，应视为延长工作时间，并按照规定支付加班工资。

2. 加班工时的处理原则

在综合工时制下，加班工时的处理应遵循以下原则：

• 支付加班工资：对于超出法定标准工作时间的部分，用人单位应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%（工作日）、200%（休息日，若未安排补休）或300%（法定节假日）支付加班工资。
• 补休安排：在休息日工作且未支付加班工资的情况下，用人单位应安排劳动者补休。但补休通常针对的是休息日的工作，而非所有加班情况。

3. 工时抵欠的合法性分析

• 直接抵欠的合法性存疑：将加班的工时直接用于抵欠的工时（如因缺勤、迟到等扣除的工时），这一做法在法律上并不明确支持。因为加班工时与缺勤工时在性质上不同，前者是劳动者超出法定工作时间的工作，应获得相应报酬；后者是劳动者未履行劳动合同约定的工作时间，用人单位有权根据规章制度进行扣减。直接抵欠可能混淆了这两种工时的性质，侵犯了劳动者的合法权益。
• 合法抵欠的可能性：若用人单位与劳动者在劳动合同或规章制度中明确约定了工时抵欠的具体方式和条件，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种抵欠方式可能是合法的。但这种情况较为特殊，需要具体的合同条款或规章制度作为支撑。

4. 法律建议

• 明确合同条款：用人单位在与劳动者签订劳动合同时，应明确综合工时制的具体实施方式、加班工时的处理原则以及工时抵欠的相关规定（如有）。确保合同条款合法、明确、无歧义。
• 遵守法律规定：用人单位在实施综合工时制时，应严格遵守国家关于工作时间、休息休假和加班工资支付的法律、行政法规规定。不得擅自变更或违反这些规定。
• 加强沟通协商：对于工时抵欠等敏感问题，用人单位应与劳动者进行充分沟通协商，确保双方的理解一致、权益得到保障。避免因沟通不畅或理解偏差而引发劳动争议。

总结来看，综合工时制下加班的工时用于抵欠的工时，在大多数情况下并不合法。用人单位应遵守相关法律规定，明确合同条款，加强沟通协商，确保劳动者的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。