担保公司起诉了反担保人后，仍然可以起诉债务人。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律关系的独立性
在债务债权关系中，债务人、担保人和反担保人各自承担不同的法律责任。债务人作为主债务人，直接承担还款责任。担保人（在此案例中为担保公司）为债务人的债务提供担保，当债务人无法履行债务时，担保人需承担相应的担保责任。而反担保人则是为担保人的担保责任提供反担保，当担保人承担了担保责任后，有权向反担保人追偿。
这三个法律关系是相互独立的。担保公司起诉反担保人，是基于反担保合同关系，要求反担保人承担反担保责任。而担保公司起诉债务人，则是基于主债务合同关系，要求债务人履行还款义务。因此，担保公司起诉反担保人后，并不影响其基于主债务合同关系对债务人提起诉讼。
二、担保方式的多样性
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，保证的方式包括一般保证和连带责任保证。在连带责任保证中，当债务人不履行债务时，债权人可以要求债务人偿还债务，也可以要求保证人承担保证责任。这意味着，在连带责任保证的情况下，担保公司有权选择直接起诉债务人或反担保人，或者同时起诉两者。
即使担保公司已经起诉了反担保人，如果发现债务人的财产状况足以清偿债务，或者债务人存在欺诈、恶意逃避债务等特殊情况，担保公司仍然有权向债务人提起诉讼，以维护自身的合法权益。
三、追偿权的行使
当担保公司承担了担保责任后，有权向债务人追偿。这是担保公司的一项法定权利。如果担保公司已经起诉了反担保人并获得了部分或全部赔偿，但这并不影响其向债务人追偿剩余债务的权利。因为反担保人的赔偿只是对担保公司损失的一种补偿，而不能替代债务人对债权人的还款义务。
四、实际操作中的注意事项
清晰认识各方责任：在进行此类诉讼时，担保公司需要清晰认识和辨别各方当事人的责任与法律关系，确保诉讼的针对性和有效性。
准备充分证据：担保公司需要准备充分的证据来支持自己的主张，包括主债务合同、担保合同、反担保合同以及债务人、反担保人的违约证据等。
考虑诉讼成本：虽然法律上允许担保公司同时起诉债务人和反担保人，但在实际操作中，担保公司需要考虑诉讼成本、时间成本以及执行难度等因素，做出合理的诉讼策略选择。
举例说明：
假设某债务人向银行借款100万元，由担保公司提供连带责任保证。同时，反担保人为担保公司的担保责任提供了反担保。后来，债务人未能按时还款，银行要求担保公司承担担保责任。担保公司先向反担保人提起诉讼，要求其承担反担保责任。但在此过程中，担保公司发现债务人仍有可供执行的财产，于是决定同时向债务人提起诉讼，要求其履行还款义务。在这种情况下，担保公司的诉讼行为是合法的，也是有效的。
综上所述，担保公司起诉了反担保人后，仍然可以起诉债务人。这是基于法律关系的独立性、担保方式的多样性以及追偿权的行使等法律原则。如果你或你的公司面临类似的债务纠纷问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。