针对您提出的“被公司挂靠单位怎么处理”的问题，这主要涉及到挂靠关系中劳动者权益保护及工伤保险责任承担的问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、挂靠关系中的工伤保险责任主体
在挂靠关系中，如果个人挂靠其他单位对外经营，并且其聘用的人员因工伤亡，根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第三条第一款第五项，被挂靠单位需要承担工伤保险责任。这意味着，即使劳动者与被挂靠单位之间不存在直接的劳动关系，被挂靠单位仍需对劳动者的工伤承担责任。
二、被挂靠单位承担责任的原因
法律保护劳动者权益：工伤保险本质上是一种社会保障，旨在维护劳动者在遭受工伤时的合法权益。在挂靠关系中，劳动者往往处于弱势地位，因此法律特别规定被挂靠单位需承担工伤保险责任，以保障劳动者的基本生活需求。
共同承担经营风险：被挂靠单位向挂靠人收取挂靠费，实际上与挂靠人共同承担了经营运输的风险。因此，仅以协议约定不能免除被挂靠单位应承担的风险和责任。
三、被挂靠单位如何处理
依法承担工伤保险责任：一旦发生工伤事故，被挂靠单位应依法承担工伤保险责任，包括支付工伤医疗费用、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等。
加强内部管理：被挂靠单位应加强对挂靠人的管理，确保挂靠人遵守相关法律法规和规章制度，降低工伤事故的发生率。
完善挂靠协议：在签订挂靠协议时，被挂靠单位应明确双方的权利和义务，特别是关于工伤保险责任的承担问题，以避免后续纠纷。
积极应对工伤认定和诉讼：如果发生工伤事故并引发争议，被挂靠单位应积极应对工伤认定和诉讼程序，提供必要的证据和材料，以维护自身合法权益。
四、实际案例参考
以张某诉某运输公司工伤保险待遇纠纷案为例，张某作为挂靠车辆的驾驶员，在驾驶过程中受伤并被认定为工伤。由于车辆挂靠在某运输公司名下，根据法律规定，张某的工伤保险待遇应由该公司承担。这一案例充分说明了被挂靠单位在挂靠关系中需承担的工伤保险责任。
五、建议
增强法律意识：被挂靠单位应增强法律意识，了解并遵守相关法律法规，特别是关于工伤保险责任的规定。
建立风险防控机制：被挂靠单位应建立风险防控机制，定期对挂靠车辆和驾驶员进行安全检查和培训，降低工伤事故的发生率。
寻求专业法律帮助：在处理挂靠关系和工伤事故时，被挂靠单位可以寻求专业法律帮助，以确保自身合法权益得到保障。
综上所述，被公司挂靠的单位在挂靠关系中需承担工伤保险责任。为了降低风险并保障自身合法权益，被挂靠单位应加强内部管理、完善挂靠协议、积极应对工伤认定和诉讼程序，并寻求专业法律帮助。