总公司卖掉正在做项目的分公司，需遵循一系列法定程序并妥善处理相关事宜，以确保交易的合法性和有效性。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、公司法层面的处理
法定程序：
- 总公司作为分公司的母公司，有权处置分公司，但必须按照法定程序进行。这包括但不限于对分公司的资产、负债及业务进行全面清查与评估，确保资产价值的准确性。
- 若转让涉及债权债务的转移，需通知已知债权人并获得其同意。否则，转让对债权人可能无效。应明确通知的方式、时间等细节，以避免后续纠纷。
工商变更登记：
- 转让完成后，需办理分公司的工商变更登记手续，包括注销原分公司登记，重新登记新的经营主体。这有助于确保交易的合法性和后续经营的顺畅性。
二、项目层面的处理
项目交接：
- 对于正在进行的项目，总公司需与受让方就项目交接事宜进行详细协商，确保项目能够平稳过渡。这包括项目资料的移交、项目团队的安置以及项目进度的跟进等。
- 若项目涉及特定资质或许可，需确保受让方具备相应的资质或许可，或协助受让方办理相关手续。
客户沟通：
- 总公司应与客户就分公司转让事宜进行沟通，说明转让情况对项目的影响及后续服务安排。这有助于维护客户关系，避免因转让导致的客户流失。
三、员工层面的处理
劳动关系处理：
- 在人员安置上，需遵循劳动法等规定，妥善处理员工劳动关系。这包括与员工协商解除劳动合同或变更劳动合同主体，以及支付相应的经济补偿。
- 经济补偿的标准和计算方式应依据劳动法及相关规定进行，确保员工的合法权益得到保障。
员工沟通与安抚：
- 总公司应与员工就转让事宜进行充分沟通，说明转让情况对员工的影响及后续安排。这有助于缓解员工的焦虑情绪，维护员工队伍的稳定。
四、法律风险防范
合同审查：
- 在转让过程中，需对相关合同进行审查，确保合同条款的合法性和有效性。特别是涉及债权债务转移、项目交接等关键条款，需仔细审查并协商修改。
法律纠纷预防：
- 总公司应预测并预防可能出现的法律纠纷，如债权人不同意转让方案、员工对经济补偿标准存在异议等。对于可能出现的纠纷，需提前制定应对策略，确保交易的顺利进行。
在实际操作中，若遇到具体问题或不确定如何处理，建议直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议，助您妥善解决分公司转让过程中的法律问题。