关于工伤期间工资被单位在赔偿金下来后扣回的起诉时效问题，核心结论是：起诉时效通常为三年，但具体起算点和特殊情况需结合实际分析。以下从不同角度为您详细解析：
一、起诉时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于工伤赔偿纠纷中，当您认为单位扣回工伤期间工资的行为侵犯了您的合法权益时，您有权在三年内提起诉讼。
二、起诉时效的起算点
权利受到损害之日：
- 通常情况下，起诉时效从您知道或应当知道权利受到损害之日起计算。在工伤赔偿纠纷中，这可能是单位扣回工资的具体日期。
特殊情况下的起算点：
- 如果单位扣回工资的行为是持续性的，或者您在一段时间后才得知该行为，那么起诉时效的起算点可能会有所不同。例如，如果单位在赔偿金下来后的一段时间内陆续扣回工资，那么起诉时效可能从最后一次扣回工资之日起计算。
- 另外，如果存在法律规定的特殊情形（如单位承诺在一定期限内返还扣回的工资但未履行），起诉时效的起算点也可能相应调整。
三、可能影响起诉时效的因素
中断与中止：
- 在起诉时效期间内，如果因您向单位提出主张、单位同意履行义务等原因导致时效中断，那么起诉时效将重新计算。
- 如果因不可抗力或其他正当理由导致您不能行使请求权，起诉时效可能中止，待中止原因消除后继续计算。
最长保护期限：
- 虽然起诉时效通常为三年，但根据《民法典》第一百八十八条第二款，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。这意味着，即使存在特殊情况导致起诉时效中断或中止，您也应在二十年内提起诉讼。
四、法律建议
及时主张权利：
- 一旦发现单位扣回工伤期间工资的行为，您应及时向单位提出异议，并保留相关证据（如工资条、银行转账记录、单位通知等）。
咨询专业律师：
- 由于工伤赔偿纠纷涉及法律条款较多，且具体情况可能因地区、单位性质等因素而有所不同，因此建议您在提起诉讼前咨询专业律师，以便更准确地把握起诉时效和诉讼策略。
注意诉讼准备：
- 在提起诉讼前，您应准备好相关证据材料，并了解诉讼流程和可能面临的法律风险。这有助于您在诉讼中更好地维护自己的合法权益。
举例说明：假设您在2020年1月1日发现单位扣回了您工伤期间的工资，且没有合法依据。那么，根据《民法典》的规定，您应在2023年1月1日之前提起诉讼（不考虑中断、中止等特殊情况）。如果因特殊原因导致您未能及时提起诉讼，且该原因符合法律规定的时效中断或中止情形，那么起诉时效将相应调整。
最后提醒：起诉时效是法律保护您权利的重要期限，一旦错过可能面临败诉风险。因此，建议您在发现单位扣回工伤期间工资的行为后，及时咨询并委托专业律师处理相关事宜。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。