违建被投诉后，合法部分也不能继续施工。以下从法律角度为您详细分析：

一、违建的法律定义与后果

违建，即违章建筑，是指在未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的建筑物。根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，违建的存在是违法的，政府部门有权对其进行查处，包括责令停止建设、限期改正、罚款、限期拆除或没收实物等措施。

二、违建被投诉后的处理流程

1. 停工令：一旦建筑被认定为违建，相关部门会下达停工令，要求立即停止建设。这是为了防止违建行为进一步扩大，造成更严重的后果。

2. 调查与评估：相关部门会对违建进行进一步的调查和评估，以确定其是否符合规划要求，以及是否可以采取改正措施消除对规划实施的影响。

3. 依法处理：根据调查和评估的结果，相关部门会依法对违建进行处理。如果违建无法采取改正措施消除影响，那么将面临限期拆除或没收的处罚。

三、合法部分为何不能继续施工

• 整体违法性：违建行为本身是违法的，即使其中部分结构或设计符合规划要求，但由于整体建筑未取得合法手续或未按照规划进行建设，因此整个建筑都被视为违法。

• 避免扩大违法后果：如果允许合法部分继续施工，可能会鼓励违建者进一步扩大违法规模，增加后续处理的难度和成本。

• 维护规划秩序：城乡规划是城市发展的重要依据，违建行为破坏了规划秩序，影响了城市的整体形象和功能布局。因此，必须坚决制止违建行为，包括其合法部分。

四、建议与措施

1. 立即停工：如果您的建筑被认定为违建并接到停工令，应立即停止施工，避免进一步扩大违法后果。

2. 配合调查：积极配合相关部门的调查和评估工作，提供必要的资料和证据。

3. 依法处理：根据相关部门的处理决定，依法进行整改、拆除或接受其他处罚。

4. 申请合法手续：如果您的建筑部分结构或设计符合规划要求，且您希望保留这部分建筑，可以在整改后依法申请相关的建设工程规划许可证等手续。但请注意，这必须在违建部分得到彻底处理后才能进行。

违建被投诉后，无论其部分结构或设计是否合法，都不能继续施工。您应当立即停工并配合相关部门的调查和处理工作。如果您在房产领域还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。