加班工资按基本工资计算，不包括职务工资，这种做法通常是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律规定与依据

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者延长工作时间、在休息日或法定休假日安排劳动者工作的，应当按照法定标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬。这里的“工资”并非仅指基本工资，而是包括劳动者正常劳动应得的全部工资，这通常涵盖了基本工资、岗位工资、职务工资、奖金、津贴等货币性收入。

加班工资计算基数的确定

1. 劳动合同有明确约定：

   • 如果劳动者与用人单位签订的劳动合同中明确标注了基本工资、岗位工资、职务工资等各个项目的具体金额，并且约定了加班工资的计算基数为这些工资项目的总和，那么用人单位应当按照约定来计算加班工资。
   • 在此情况下，如果仅按基本工资计算加班工资，而忽略了岗位工资、职务工资等其他项目，就违反了劳动合同的约定，是不合法的。

2. 劳动合同无明确约定或约定不明确：

   • 如果劳动合同对工资具体金额未作明确约定，或者当事人对合同条款理解存在歧义，那么加班工资的计算基数应当以实际工资为准。
   • 实际工资是指企业直接给予员工的所有工资收入，包括但不限于基本工资、岗位工资、职务工资、奖金、津贴及补贴等各项收入。
   • 在此情况下，如果仅按基本工资计算加班工资，而忽略了其他实际工资组成部分，同样是不合法的。

特殊情况说明

• 尽管一般情况下加班工资的计算基数应包括所有货币性收入，但如果劳动合同中特别约定了加班工资的计算基数仅为基本工资，并且该约定不低于当地最低工资标准，那么这种约定在法律上是有效的。然而，这种情况在实际操作中较为罕见，因为大多数劳动者的工资构成都包含除基本工资外的其他收入部分。

劳动者权益保护

• 如果您发现用人单位在计算加班工资时仅按基本工资计算，而忽略了您的其他工资收入，您有权要求用人单位按照法律规定调整并补发加班工资。
• 如果用人单位拒绝调整或补发，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

举例说明： 假设您的月工资由基本工资3000元、职务工资2000元、奖金1000元组成，总计6000元。如果用人单位在计算加班工资时仅按基本工资3000元计算，而忽略了职务工资和奖金，那么这种做法就是不合法的。您有权要求用人单位按照您的实际工资6000元作为计算基数来支付加班工资。

综上所述，加班工资按基本工资计算而不包括职务工资的做法通常是不合法的。用人单位应当严格按照劳动法规定来计算和支付加班工资，以确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。