员工公事用车公司免责协议是否有效，需分情况讨论：

1. 协议内容合法且不违反公序良俗时，可能有效：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，不得违反法律，不得违背公序良俗。若员工公事用车公司免责协议的内容不违反法律法规的强制性规定，且不违背公序良俗，那么该协议在双方自愿、平等的基础上签订，可能具有法律效力。例如，协议中明确规定了员工在使用公事用车时应遵守的交通规则和安全注意事项，以及因员工违规操作导致的事故责任划分，这样的协议内容是合法且合理的。

2. 协议内容违法或显失公平时，可能无效：

   • 如果免责协议的内容违反了法律法规的强制性规定，或者显失公平，即一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，那么该协议可能被认定为无效。例如，协议中规定无论何种原因导致的事故，公司均不承担责任，这种条款显然违反了公平原则，可能被认定为无效。
   • 另外，如果公司利用员工对法律知识的缺乏，或者利用员工急需用车完成工作的心理，迫使员工签订不合理的免责协议，这种协议也可能因显失公平而被认定为无效。

3. 协议涉及第三方权益时，需谨慎判断：

   • 如果员工公事用车过程中涉及第三方权益，如交通事故中的受害者，那么免责协议不能对抗第三方的合法权益。即使协议中规定了公司对某些事故不承担责任，但如果这些事故导致了第三方的损害，公司仍然可能需要承担相应的法律责任。

法律建议：

• 在签订员工公事用车公司免责协议时，公司应确保协议内容合法、合理，不违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗。
• 员工在签订协议前，应仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务，如有疑问应及时向公司或法律专业人士咨询。
• 如果协议内容存在违法或显失公平的情况，员工有权拒绝签订，或者要求公司修改协议内容。

可能后果：

• 如果免责协议被认定为有效，那么在公司和员工之间，将按照协议约定的责任划分来承担事故责任。
• 如果免责协议被认定为无效，那么公司将无法依据协议来免除自己的责任，可能需要承担相应的法律责任。

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