关于公司小型非营运车辆登记在员工名下，员工与公司签订的免责协议是否有效的问题，这并非一个简单的是非判断，而是需要结合具体情况和法律规定来综合分析。以下是我从不同角度为你提供的详细解答：
协议内容合法性角度：
- 免责协议的内容必须合法，不能违反法律、行政法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。如果协议中试图免除公司因车辆管理不善、使用不当等造成的重大责任，或者免除员工因故意或重大过失造成的责任，这样的条款可能因违法而无效。
- 例如，如果协议中规定“无论何种情况下，公司均不承担车辆使用过程中的任何责任”，这样的条款可能因过于宽泛且违法而无效。因为根据法律规定，公司作为车辆的实际使用人或管理人，在某些情况下（如车辆存在安全隐患、公司指示员工违法驾驶等）是需要承担相应责任的。
协议签订过程角度：
- 协议的签订必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果员工是在被胁迫或欺诈的情况下签订的免责协议，那么该协议是可撤销的，员工有权在法定期限内请求法院或仲裁机构撤销该协议。
- 例如，如果公司以不签订免责协议就不给予员工工作机会或福利待遇等为由，胁迫员工签订协议，那么这样的协议是无效的。
车辆实际使用与管理角度：
- 即使车辆登记在员工名下，但如果车辆的实际使用和管理权在公司，那么公司仍然需要承担车辆使用过程中的相应责任。免责协议不能完全免除公司因车辆管理不善或使用不当而造成的法律责任。
- 例如，如果公司使用登记在员工名下的车辆进行营运活动（即使是非营运车辆，但实际用于营运），那么公司可能需要承担因营运活动而产生的法律责任，免责协议中的相关条款可能无法起到免责作用。
保险与赔偿角度：
- 如果车辆已经购买了相应的保险（如交强险、商业险等），那么在车辆发生事故时，保险公司将按照保险合同的约定进行赔偿。免责协议不能免除保险公司在保险范围内的赔偿责任。
- 同时，如果员工因驾驶车辆造成他人损害，且员工存在过错（如疏忽大意、违反交通规则等），那么员工可能需要承担相应的赔偿责任。免责协议不能完全免除员工因个人过错而造成的法律责任，但可以在一定程度上明确双方的责任分担。
法律建议：
- 对于公司而言，如果确实需要将车辆登记在员工名下，建议明确车辆的实际使用和管理权归属，并购买相应的保险以降低风险。同时，在签订免责协议时，应确保协议内容合法、双方意思表示真实，并明确双方的责任分担和免责条款的具体适用范围。
- 对于员工而言，在签订免责协议前应仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务。如果对协议内容有疑问或不确定的地方，应及时向公司或法律专业人士咨询。
可能存在的法律后果：
- 如果免责协议因违法或存在欺诈、胁迫等情形而被认定无效或可撤销，那么公司或员工可能需要承担因车辆使用或管理不善而造成的法律责任。
- 如果免责协议部分有效部分无效，那么双方应根据协议的有效部分和法律规定来分担责任。
总结来说，公司小型非营运车辆登记在员工名下时签订的免责协议是否有效，取决于协议的内容、签订过程、车辆的实际使用与管理情况以及保险与赔偿等多个因素。因此，在签订此类协议时，建议双方都应谨慎对待并咨询法律专业人士的意见。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。