事业单位一般不能对员工2012年9月之前的吸毒记录进行处分，且若员工吸毒行为未被起诉，事业单位的处分也需谨慎考量。以下从几个方面进行详细分析：
一、关于吸毒记录的时效性
法律原则：法律通常不追溯既往，即对于过去的行为，除非法律有特别规定，否则一般不予追究。吸毒记录本身，如果没有伴随其他违法行为（如贩毒、容留他人吸毒等），且已经过去较长时间，通常不会成为事业单位处分的直接依据。
事业单位规定：事业单位对员工的处分，通常依据的是员工当前的行为表现以及是否违反了单位的规章制度。对于员工过去的吸毒记录，除非该记录直接影响了员工当前的工作表现或违反了单位的相关规定（如单位明确规定有吸毒史者不得录用或需接受特定处理），否则事业单位一般不能仅凭此记录对员工进行处分。
二、关于不起诉与事业单位处分的关系
不起诉的法律含义：不起诉是指检察机关对犯罪嫌疑人认为其犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，或者证据不足、不符合起诉条件的，而作出的不予起诉的决定。不起诉并不意味着犯罪嫌疑人没有犯罪行为，只是检察机关认为不需要或不宜对其提起公诉。
事业单位处分的考量：如果员工的吸毒行为虽然未被起诉，但已经构成了违法行为（如吸毒本身即违法），且该行为被单位知晓，单位在决定是否对员工进行处分时，会综合考虑多种因素，包括行为的性质、情节、后果以及员工的工作表现等。然而，如果吸毒行为发生在较长时间之前，且员工已经改正，没有再次发生类似行为，单位在处分时也会更加谨慎。
三、具体建议
查阅单位规章制度：员工应首先查阅自己所在事业单位的规章制度，了解单位对于吸毒等违法行为的处分规定。如果单位有明确规定，且员工的行为确实违反了规定，那么员工可能需要接受相应的处分。
咨询法律专业人士：如果员工对单位的处分决定有异议，或者认为自己的权益受到了侵害，可以咨询法律专业人士（如我，王谦律师，专注于离婚、遗产继承、刑事辩护、婚姻家庭领域），了解自己的法律权益和可能的救济途径。
积极沟通与解释：如果员工认为自己的吸毒记录或不起诉决定不应该成为单位处分的依据，可以积极与单位进行沟通，解释自己的情况，并提供相关证据（如戒毒证明、社区矫正证明等）来支持自己的观点。
总结来说，事业单位对员工2012年9月之前的吸毒记录进行处分需要谨慎考量，且如果员工吸毒行为未被起诉，单位在处分时更应综合考虑多种因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。