事业单位不能依据后来的处分条例处分员工2012年9月之前的吸毒记录。下面我将从法律不溯及既往的原则、事业单位处分条例的适用范围以及具体处理建议三个方面进行详细阐述。

1. 法律不溯及既往的原则：

   • 法律不溯及既往是法学上的基本原则，意味着新的法律或规定通常不适用于其实施之前的行为。这是为了维护法律的稳定性和公正性，防止对过去行为的任意干涉。
   • 在本题中，如果2012年9月之前还没有事业单位处分条例，那么事业单位就不能依据后来制定的条例来处分员工在那之前的吸毒记录。

2. 事业单位处分条例的适用范围：

   • 事业单位处分条例是为了规范事业单位对员工的处分行为而制定的，它通常明确规定了处分的种类、适用情形以及处分程序等。
   • 这些条例一般只适用于其实施之后发生的违纪行为，对于实施之前的行为，除非有特别规定，否则不适用。

3. 具体处理建议：

   • 事业单位在处理员工吸毒记录时，应严格遵守法律不溯及既往的原则，不得依据后来的处分条例对之前的吸毒行为进行处分。
   • 如果员工的吸毒行为在当时已经构成了违纪或违法，并且当时有相应的规定或法律可以依据，那么事业单位可以按照当时的规定或法律进行处理。
   • 如果当时没有相关规定或法律，或者规定不明确，那么事业单位在处理时应谨慎行事，避免侵犯员工的合法权益。

综上所述，事业单位不能依据后来的处分条例处分员工2012年9月之前的吸毒记录，这是法律不溯及既往原则的具体体现。在处理此类问题时，事业单位应严格遵守相关法律法规，确保处理的公正性和合法性。