合同约定在甲方、乙方所在地法院起诉，这一约定通常是合法有效的。这一结论基于以下几点法律分析和实践考量：
一、法律依据与协议管辖原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。这一规定体现了协议管辖的原则，即当事人有权在法律允许的范围内，通过协商确定解决争议的法院。
二、合法性条件
不违反级别管辖和专属管辖：协议管辖的约定不得违反法律对级别管辖和专属管辖的规定。例如，对于应当由中级人民法院管辖的第一审民事案件，或者因不动产纠纷、港口作业纠纷、继承遗产纠纷等专属管辖的案件，当事人不能通过约定改变其管辖法院。
约定明确具体：协议管辖的约定应当明确具体，能够确定唯一的管辖法院。在合同中约定“甲方、乙方所在地法院起诉”，实际上赋予了双方选择原告住所地法院管辖的权利，这种约定是明确且具体的。
双方真实意愿：协议管辖的约定应当是双方当事人真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫等违法情形。
三、实践中的考量与建议
便于纠纷解决：约定在甲方、乙方所在地法院起诉，有助于在合同违约时，为提起诉讼的一方提供便利，促进纠纷的及时有效解决。
避免管辖争议：明确的管辖约定可以避免因管辖问题产生的争议，减少诉讼成本和时间。
注意约定细节：在签订合同时，双方应仔细审查管辖条款，确保约定符合法律规定，并明确约定在何种情况下由哪一方所在地法院管辖，以避免后续争议。
四、可能的法律后果
如果合同中的管辖约定违反了法律规定，如违反了级别管辖或专属管辖的规定，或者约定不明确导致无法确定管辖法院，那么该约定可能被认定为无效。在这种情况下，当事人需要依照法律规定确定管辖法院，这可能会增加诉讼的复杂性和成本。
总结与建议：
合同约定在甲方、乙方所在地法院起诉，只要不违反级别管辖和专属管辖的规定，且是双方真实意愿的表达，就是合法有效的。在签订合同时，建议双方仔细审查管辖条款，确保约定明确具体，并符合法律规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。