公司处罚在一定条件下可以申请劳动仲裁。具体分析如下：
一. 可申请劳动仲裁的情形
罚款缺乏制度依据或制度内容违法：如果公司未通过合法程序制定罚款制度，或者制度内容本身违反法律法规（如罚款金额过高、罚款事由不合理等），员工可以申请劳动仲裁。- 例如，公司突然决定对迟到员工罚款500元，但这一规定并未写入公司规章制度，也未经过职工代表大会讨论通过，那么员工就有权申请劳动仲裁。
罚款性质实为克扣工资：如果公司直接将罚款从员工工资中扣除，导致员工实际收入低于当地最低工资标准，这种罚款实质上构成了克扣工资，员工可以申请劳动仲裁。- 数据参考：假设某地月最低工资为2300元，如果公司罚款后员工的实发工资低于这个数额，就涉嫌违法。
罚款程序违法：公司在实施罚款时，未告知员工罚款事由、未提供申诉渠道，或者未出具书面通知，这些都属于程序违法，员工可以申请劳动仲裁。- 例如，公司以“工作失误”为由口头通知员工罚款，但拒绝提供书面说明及证据，员工就有权申请劳动仲裁。
罚款目的不正当：如果公司以罚款来替代其应承担的管理责任，如设备故障导致的损失全部由操作者承担，这种罚款目的不正当，员工也可以申请劳动仲裁。
二. 不可仲裁或难以支持的情形
合法合规的处罚：如果公司的处罚制度经过合法程序制定并公示，且处罚金额合理、与过错程度匹配，那么这种处罚是合法合规的，员工申请劳动仲裁难以得到支持。- 例如，员工因重大过失造成公司损失，公司按照制度规定对员工进行合理赔偿要求的处罚，员工申请劳动仲裁就难以得到支持。
非劳动关系纠纷：如果公司与员工之间的是劳务关系而非劳动关系，或者处罚涉及的是民事合同约定的违约金等，这些都不属于劳动仲裁的范畴。
三. 操作建议
如果员工认为公司的处罚存在上述问题，可以先与公司人事部门沟通，要求解释处罚依据；如果沟通无果，可以向劳动监察大队投诉，请求调查制度合法性；如果问题仍未解决，可以在知道权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，明确诉求并提供充分证据。
我建议，在申请劳动仲裁前，员工应充分收集相关证据，如工资条、罚款通知书、公司制度文件等，以确保自己的权益得到有效维护。如有进一步需要，您可以继续咨询我。