总包收到分包方结算文件未回复，并不可以直接以结算金额认定为工程款。这一结论主要基于以下几点法律分析和实践考量：
一、法律条款的适用条件
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称《解释》）的相关规定，特别是关于发包人收到竣工结算文件后未予答复的情形，其适用是有严格条件的：
合同约定：承发包双方必须在施工合同中明确约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，则视为认可竣工结算文件。这是适用《解释》相关条款的前提。
答复期限：合同中必须明确约定答复的期限。如果合同中没有约定答复期限，或者约定的期限不明确，那么发包人未在某个未明确约定的期限内答复，并不能直接视为认可竣工结算文件。
完整结算文件：承包人必须向发包人提交完整的竣工结算文件。如果承包人提交的结算文件不完整，发包人有权要求补充资料，此时不能直接以承包人报送的结算文件作为工程款结算依据。
未予答复的事实：发包人确实在答复期内未予答复。如果发包人在答复期内进行了答复，对结算文书提出了异议，那么就不能以承包人的送审价认定工程款。
二、实践中的争议与考量
尽管《解释》的相关条款为承包人提供了一种在发包人未予答复时以送审价结算工程款的途径，但在实践中，这一条款的适用存在许多争议：
显失公平的质疑：有观点认为，径行采纳承包人提交的结算书，而否决当事人申请鉴定的权利，可能使得实际结算数额偏高，从而损害发包方的利益。然而，这种质疑忽略了承包人在施工过程中的资金周转压力，以及发包人可能通过拖延支付工程款来达到压低工程款的目的。
合同约定的预见性：既然双方在合同订立之初即对发包人未在约定答复期内答复即视为认可送审价的内容进行了明确约定，发包人对该约定内容及其后果应有合理预见，也应严守合同约定。
公平原则的体现：《解释》的相关条款并不存在明显偏袒一方的情形。它赋予了发包人程序上异议权及相应的实体权利。如果发包人未在约定答复期内提出异议，客观上存在过错，由此造成的损害应由发包人自行承担。
三、建议与操作
完善合同条款：在签订施工合同时，承发包双方应明确约定关于竣工结算文件的答复期限以及不答复的法律后果，以避免后续争议。
及时提交与答复：承包人应及时向发包人提交完整的竣工结算文件，并保留好提交证据。发包人则应在约定的答复期限内给予答复，以免被视为认可承包人的送审价。
法律途径解决：如果发生争议，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等法律途径解决。在诉讼过程中，法院会根据合同约定、实际情况以及相关法律法规进行综合判断。
综上所述，总包收到分包方结算文件未回复，并不能直接以结算金额认定为工程款。这一结论的得出是基于对相关法律条款的严格解读以及对实践争议的全面考量。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。