合同一式两份且已经签章后发现两份内容不一致，并不直接等同于合同合法或无效，其效力需根据具体情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、合同效力的基本原则

在合同法中，合同的有效性通常取决于双方是否真实表达了意愿，并且合同内容是否合法、不违背公序良俗。对于一式两份的合同，如果两份内容完全一致，且双方均已签章，那么合同的效力通常是明确的。然而，当两份合同内容不一致时，就需要进一步分析。

二、内容不一致的处理原则

1. 以后签时间的合同为准：

   • 如果两份合同是在不同时间签订的，且内容存在差异，那么通常以后签时间的合同为准。这是因为后签的合同往往被视为对前一份合同的修改或补充。

2. 同时签订时的协商与判定：

   • 如果两份合同是同时签订的，且内容不一致，那么双方应首先尝试通过协商来解决分歧。
   • 如果协商不成，那么合同可能被视为无效，或者需要由法院或仲裁机构根据双方的交易习惯、合同的通常用语以及合同上下文来进行判定，以确定哪份合同的内容才是双方的真实意思表示。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 如果两份合同内容不一致，且无法确定哪份是双方的真实意思表示，那么合同可能面临无效的风险。
   • 无效合同自始没有法律约束力，双方应恢复原状，即返还因合同取得的财产，无法返还的应折价补偿。有过错的一方还应赔偿对方因此所受到的损失。

2. 建议：

   • 尽快协商：一旦发现两份合同内容不一致，双方应尽快进行协商，以达成一致意见。
   • 起草补充协议：如果协商成功，双方可以起草补充协议来明确合同的内容，或者选择重签合同以确保合同的一致性。
   • 寻求法律帮助：如果协商不成，或者对合同的效力存在争议，建议及时寻求法律帮助，通过法律途径来解决纠纷。

四、实际案例与启示

在实际操作中，因合同内容不一致而引发的纠纷并不少见。例如，有些合同在签订过程中可能由于疏忽或故意而导致了内容的不一致。这种情况下，双方往往需要通过法律途径来解决分歧。因此，在签订合同时，双方应仔细核对合同内容，确保两份合同完全一致，以避免不必要的法律纠纷。

如果有任何关于合同纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。