行政处罚案件中，立案当天不计入90日的办案期限内，90日是从立案之日的第二天开始计算。以下是对此问题的详细解释：
一、法律依据
根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十条的规定，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。同时，《生态环境行政处罚办法》第九十条第二款也明确规定：“期间开始之日，不计算在内。期间届满的最后一日是节假日的，以节假日后的第一日为期间届满的日期。”这一规定明确了办案期限的起算点，即立案当天不计入90日的办案期限内。
二、90日的性质
自然日还是工作日：
- 在生态环境处罚中，只有3、5、7日的规定是指工作日，不含法定节假日。而90日则指的是自然日，即包含周末和假期在内的连续90天。
是否等同于三个月：
- 日常生活中，我们口头讲的一个月一般指的就是30日。但在行政处罚中，30日并不等于一个月，因为12个月中有大月和小月之分，平年里的二月份是28天，闰年里的二月份是29天。所以，一个月有31日、30日、29日和28日四种情况。因此，不能想当然地将90日理解为三个月。
三、90日期限的延长与扣除
期限的延长：
- 根据《生态环境行政处罚办法》第五十七条第一款的规定，因案情复杂或者其他原因，不能在规定期限内作出处理决定的，经生态环境主管部门负责人批准，可以延长三十日。案情特别复杂或者有其他特殊情况，经延期仍不能作出处理决定的，应当由生态环境主管部门负责人集体讨论决定是否继续延期，决定继续延期的，继续延长期限不得超过三十日。
期限的扣除：
- 根据《生态环境行政处罚办法》第五十七条第二款的规定，案件办理过程中，中止、听证、公告、监测（检测）、评估、鉴定、认定、送达等时间不计入前款所指的案件办理期限。因此，90日也并非是经过90个连续自然日，如果案件涉及上述时间的，还需要扣除相应的时间。
四、实务建议
严格把控时间节点：
- 行政机关应建立案件台账，设置临近九十日的预警机制，提前评估是否需要延期，避免被动超期。
规范延期审批流程：
- 制作统一格式的延期申请书，明确记录批准人、事由及延长时限，并将延期决定书及时送达当事人并留存送达凭证。
强化内部监督与追责：
- 定期清理长期未结案件，对无故拖延的责任人进行问责，通过绩效考核倒逼执法效率提升。
作为专业律师，我建议行政机关在办理行政处罚案件时，应严格遵守法定办案期限，确保案件在法定期限内办结。如果遇到特殊情况需要延期，应及时履行延期审批手续，并向当事人说明延期原因及处理进展。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。