自离扣工资是否合法，主要取决于劳动者的自离行为是否给用人单位造成了实际损失，并且用人单位在扣除工资时是否符合法定程序和限额规定。以下是对此问题的详细分析：
一、自离与工资支付的基本原则
劳动者有取得劳动报酬的权利，这是法律赋予的基本权益。员工自离虽然可能违反了劳动合同中关于离职程序的规定，但并不意味着用人单位可以随意克扣其工资。工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，除非有合法理由，否则用人单位不得无故克扣。
二、合法扣工资的情况
造成实际损失：
- 如果员工的自离行为确实给用人单位造成了实际损失，如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失等，用人单位有权要求员工赔偿。
- 这种赔偿应通过合法合理的方式进行，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来确定赔偿金额。
扣除限额与最低工资标准：
- 在扣除赔偿金时，用人单位需遵守以下规定：每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
三、不合法扣工资的情况
- 如果劳动者自离并未对用人单位造成实际损失，或者虽然造成了损失但用人单位未按照法定程序和限额进行扣除，那么用人单位的扣工资行为是不合法的。
- 在这种情况下，劳动者有权要求用人单位足额支付工资。
四、维权途径
如果用人单位无故克扣工资，劳动者可以通过以下途径来维护自身权益：
协商：
投诉：
- 若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正。
仲裁与诉讼：
- 如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
五、其他注意事项
- 无论员工是否自离，公司都应支付员工已提供劳动部分的工资。即如果员工在离职前已经为公司工作了一段时间，公司应该按照员工实际出勤的天数支付工资。
- 劳动者在面临此类问题时，应知晓自己的权益，并通过合法途径进行维权。
总结来看，自离扣工资并非一概而论地合法或不合法，而是需要根据具体情况来判断。如果用人单位以劳动者自离为由扣除了其所有或部分工资，且无法证明劳动者的擅自离职造成了实际经济损失，或者未按照相关规定进行扣除，那么这种行为是不合法的。劳动者在遇到此类问题时，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。