考勤机打卡扣工资是否合法，需分情况讨论：
合法情形
规章制度合法且员工知情：
- 若公司的考勤打卡制度在制定程序上合法，即经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），并向员工进行了公示或告知（如通过内部公告、员工手册签收等方式），且内容不违反法律法规的强制性规定（如扣款比例合理，未超过法定限额），那么在员工确实存在未按规定打卡且属于旷工等违反公司考勤制度的情况下，公司按照制度扣工资通常是合法的。
- 举例：员工无故未打卡且未履行请假手续，公司依据制度扣减相应工资，这属于企业自主管理权的体现。
未打卡行为对工作造成影响：
- 如果员工的未打卡行为导致了工作延误、秩序混乱等不良后果，用人单位可以根据影响程度对员工进行相应处罚，包括扣除工资。但需注意，处罚应与影响程度相当，且不得违反法律法规的强制性规定。
扣除的是与考勤相关的绩效工资部分：
- 如果用人单位的规章制度中明确规定了“未打卡按旷工处理”，且扣除的是与考勤相关的绩效工资部分，而非基本工资，这种扣除也是合理的。因为绩效工资通常与员工的工作表现、出勤情况等挂钩。
不合法情形
规章制度不合理或未经公示：
- 如果公司的考勤制度存在不合理的规定，如扣除工资比例过高（超过法定限额或行业惯例），或者规章制度没有经过法定程序制定，也没有向员工公示或告知，那么扣工资的行为是不合理且不合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十条，用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
存在特殊情况或不可抗力因素：
- 如果员工因不可抗力等特殊原因未能打卡，如突发疾病、自然灾害等，并能提供合理证明（如医院诊断证明、灾害预警等），用人单位不应扣除工资。因为这种情况下，员工未能打卡并非其主观故意或过失所致。
无故克扣工资：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，如果员工正常出勤但忘记打卡，且未给单位造成损失，公司不能扣工资。否则，将构成无故克扣工资的行为。
劳动者权益保护建议
- 与公司协商：如果劳动者认为公司扣工资的行为不合理或不合法，可以首先与公司进行协商，寻求解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：劳动者还可以依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，向用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：考勤机打卡扣工资是否合法，取决于公司的规章制度、员工的行为以及相关法律法规的规定。用人单位在制定规章制度时，应确保其内容合法、合理，并经过法定程序制定和公示。同时，在处理员工未打卡行为时，应秉持公正、公平的原则，避免侵犯员工的合法权益。劳动者也应了解自己的权利和义务，在遇到不合理扣工资情况时，积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。