单位打卡系统扣工资是否合法，主要取决于用人单位的规章制度及其实施方式。以下是对此问题的详细分析：
合法扣工资的情况
规章制度明确且合法：
- 如果用人单位依法制定的规章制度中明确规定，员工未打卡或漏打卡属于违反考勤制度的行为，并设定了合理的扣薪标准，同时该规章制度的制定经过了民主程序（如职工代表大会讨论通过），并已向员工公示或告知，那么在这种情况下，按照规章制度扣工资在一定程度上是合法的。
- 关键点：规章制度需合法制定、内容合理、已公示或告知员工。
扣薪标准合理：
- 扣薪的标准应当合理，不能过高或明显不合理。例如，规定每次未打卡扣除当天工资的一小部分作为处罚，这样的规定在合法范围内是可以被接受的。
- 关键点：扣薪比例需合理，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
造成实际损失：
- 若劳动者的未打卡行为确实给用人单位造成了经济损失，如影响生产进度、工作交接等，用人单位可根据损失情况和劳动者过错程度，在合理范围内扣除工资作为赔偿。
- 关键点：需证明未打卡行为与实际损失之间的因果关系，且扣薪需合理。
不合法扣工资的情况
规章制度违法或不合理：
- 若用人单位没有关于未打卡扣工资的相关规章制度，或者规章制度未经民主程序制定、未向员工公示告知，或者规定的扣薪标准过高、明显不合理，那么以此为由扣工资是不合法的。
- 关键点：规章制度需合法、合理且已公示或告知。
侵犯劳动者权益：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位不得克扣劳动者基本工资。未打卡并不等同于劳动者没有提供劳动，因此直接扣发工资，特别是影响劳动者基本生活的扣发，实质上是对劳动者获取劳动报酬权利的侵害，这种扣工资行为是不合法的。
- 关键点：不得克扣基本工资，扣薪需基于合理理由。
未造成实际损失：
- 即使公司有考勤制度，但若劳动者未打卡并未给用人单位造成任何实际损失，此时扣减工资也是不合法的。
- 关键点：需证明未打卡行为未造成实际损失。
劳动者应对措施
沟通协商：
- 首先与公司进行沟通协商，了解扣工资的具体原因和依据，并要求公司提供相应的规章制度文本。
投诉举报：
- 若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，请求其介入调查并处理。
法律途径：
- 依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结与建议：单位打卡系统扣工资是否合法，取决于用人单位的规章制度是否合法有效、扣减金额是否合理以及是否符合劳动法等相关法律法规的规定。用人单位在制定相关规章制度时，应确保程序的合法性、内容的合理性以及公示的充分性。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在面对不合法的扣减工资行为时，积极采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。