申请不定时工作制的情况下，工资是可以保密的，但这一保密制度需在合法合理的框架内实施。以下是对这一问题的详细分析：
工资保密的合法性
工资属于个人隐私：工资是员工个人劳动所得，属于个人隐私信息范畴。企业出于管理等多方面考虑，有权制定工资保密制度，以避免员工之间因工资差异产生不必要的矛盾与纠纷，维护工作场所的和谐氛围。
工资保密制度需遵循原则：虽然工资可以保密，但企业不能利用该制度进行不合理的薪资歧视或暗箱操作。工资发放标准应相对公平、透明，不能基于不合理理由给予不同员工相差悬殊的工资。
工资保密与不定时工作制的关系
不定时工作制的特点：不定时工作制是一种因工作性质或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工所采用的一种工时制度。在这种制度下，员工的工作时间可能更加灵活，但工资计算方式也可能与标准工时制有所不同。
工资保密的适用性：在不定时工作制下，工资保密制度同样适用。企业可以根据员工的工作表现、贡献等因素来制定工资标准，并在不违反法律法规的前提下，对工资信息进行保密。
工资保密制度的实施要点
保障员工知情权：虽然工资可以保密，但企业应在合理范围内向员工解释工资构成、发放方式等基本情况。这有助于员工了解自己的工资来源和计算方式，增强对工资制度的信任感。
避免不合理薪资歧视：企业在制定工资保密制度时，应确保工资发放标准公平、透明，避免基于不合理理由（如性别、年龄、种族等）给予不同员工相差悬殊的工资。
应对劳动纠纷：当涉及劳动纠纷（如拖欠工资、同工不同酬等问题）时，员工为维护自身权益，可能需要披露工资信息作为证据。在这种情况下，企业应积极配合调查，提供必要的工资信息。
可能的法律后果
如果企业违反法律法规，利用工资保密制度进行不合理的薪资歧视或暗箱操作，可能会面临法律责任。员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求企业纠正不当行为并赔偿损失。
建议：企业在实施工资保密制度时，应确保制度的合法性和合理性，充分保障员工的知情权和合法权益。同时，员工也应了解自己的工资来源和计算方式，积极维护自己的合法权益。如果您在工资保密或不定时工作制方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。