结论：公司要求员工两个相同部门合并办公，员工不服从安排是否违法，需分情况讨论。一般情况下，若公司未经协商一致单方面变更劳动合同内容（如岗位、工作地点等），员工有权拒绝，公司处罚可能违法；但若公司调岗合理且符合规章制度，员工无正当理由拒不服从，公司可能依法处理。

1. 公司未经协商一致单方面变更劳动合同，员工有权拒绝

根据《劳动合同法》第三十五条，变更劳动合同（包括岗位、工作地点等）应当双方协商一致，并采用书面形式。若公司仅因部门合并要求员工到新岗位办公，但未与员工协商一致，员工有权拒绝。此时，公司若对员工进行处罚（如扣工资、降职等），可能构成违法，员工可主张处罚无效，并可通过劳动仲裁维护自身权益。

举例：小张所在公司进行部门合并，要求小张从原部门调至新部门办公，但未与小张协商。小张认为新部门工作性质与自身职业规划不符，拒绝调岗。公司随后对小张进行扣工资处罚。小张可依据《劳动合同法》主张公司处罚违法，并申请劳动仲裁要求公司撤销处罚、补发工资。

2. 公司调岗合理且符合规章制度，员工无正当理由拒不服从，公司可能依法处理

若公司调岗合理（如新岗位工资待遇、工作地点等无不利变化），且符合公司合法有效的规章制度，员工无正当理由拒不服从，公司可能依据规章制度对员工进行处理（如警告、记过等）。但需注意，公司规章制度需经民主程序制定并公示，否则可能因程序违法而被认定无效。

举例：小李所在公司进行部门合并，要求小李从原部门调至新部门办公。新岗位工资待遇、工作地点等与原岗位相当，且公司规章制度明确规定员工需服从合理调岗安排。小李无正当理由拒不服从，公司依据规章制度对小李进行警告处理。此时，公司处理可能合法有效。

3. 员工如何维护自身权益

• 协商：员工可先与公司协商，表达自身诉求和理由，争取达成一致。
• 申请劳动仲裁：若协商不成，员工可向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司撤销违法处罚、恢复原岗位或赔偿损失等。
• 诉讼：若对劳动仲裁结果不服，员工还可向法院提起诉讼，维护自身合法权益。

建议：作为员工，在面对公司调岗要求时，应首先了解自身劳动合同内容及公司规章制度，评估调岗是否合理、是否符合法律规定。若认为公司调岗违法或不合理，可及时与公司沟通并保留相关证据（如调岗通知、沟通记录等），以便在后续维权中提供有力支持。若有问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。