结论前置：员工只同意交接工作而不同意签署补偿协议，这主要涉及到劳动合同解除或终止后的权利义务处理问题。针对此情况，以下是从不同角度给出的分析和建议。
一、法律背景与原则
在劳动合同解除或终止时，用人单位与劳动者之间往往存在经济补偿的争议。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在特定情形下（如协商一致解除、无过失性辞退、经济性裁员等）需要向劳动者支付经济补偿。经济补偿的支付通常以双方签署补偿协议为前提，该协议明确了补偿的金额、支付方式等关键条款。
二、员工不同意签补偿协议的可能原因及应对
对补偿金额或方式不满：
- 员工可能认为用人单位提出的补偿金额过低或支付方式不合理，因此拒绝签署协议。
- 建议：用人单位应与员工进行充分沟通，解释补偿的计算依据和合理性，尝试协商达成双方都能接受的补偿方案。若协商无果，可考虑通过劳动仲裁或诉讼途径解决争议。
对解除或终止劳动合同的合法性有异议：
- 员工可能认为用人单位解除或终止劳动合同的行为违法，因此拒绝签署补偿协议作为对违法行为的抗议。
- 建议：用人单位应确保解除或终止劳动合同的行为符合法律法规的规定，并提供相应的证据支持。若员工坚持认为用人单位行为违法，可引导其通过劳动仲裁或诉讼途径维护自身权益。
担心签署协议后影响其他权益：
- 员工可能担心签署补偿协议后，会放弃某些本应享有的权益，如未休年假的补偿、加班费等。
- 建议：用人单位应在补偿协议中明确列明除经济补偿外，员工是否还享有其他权益，并确保这些权益不受签署协议的影响。同时，向员工解释协议的具体内容，消除其顾虑。
三、仅交接工作不签补偿协议的法律后果
- 若员工仅同意交接工作而拒绝签署补偿协议，这并不影响其交接工作的义务。员工仍应按照用人单位的要求完成工作交接。
- 然而，从用人单位的角度来看，若未与员工签署补偿协议而直接支付补偿，可能面临后续争议的风险，如员工否认收到补偿或主张补偿金额不足等。
- 建议：为避免潜在的法律风险，用人单位应尽量与员工协商并签署补偿协议。若员工坚持不签，用人单位可考虑在支付补偿时要求员工出具收据或确认书，以证明补偿已支付且员工无异议。
四、特殊情况下的处理
- 若员工在交接工作过程中存在故意拖延、隐瞒重要信息或损坏用人单位财物等行为，用人单位可依据相关法律法规和内部规章制度追究其责任。
- 同时，若员工因个人原因（如疾病、家庭变故等）无法及时签署补偿协议，用人单位可给予一定的宽限期，并在此期间保持与员工的沟通，了解其具体情况并协商解决方案。
总结与建议：面对员工只同意交接工作而不同意签署补偿协议的情况，用人单位应首先与员工进行充分沟通，了解其拒绝签署的原因，并尝试协商达成双方都能接受的解决方案。若协商无果，可考虑通过劳动仲裁或诉讼途径解决争议。在此过程中，用人单位应确保自身行为的合法性，并尽量避免潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。