结论：楼顶违建后作为公共设施使用，涉及违法建设认定、行政处罚、拆除或整改、公共设施合法性处理等多个法律环节，需根据具体情况分步骤处理。以下是具体分析：

1. 违建的认定与行政处罚

• 违法性认定：根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可证内容建设的建筑，均属违法建设。楼顶违建无论是否作为公共设施使用，均不改变其违法性质。
• 行政处罚流程：
  • 规划部门立案调查，确认违建事实；
  • 责令限期拆除或整改（如补办手续，但楼顶加建通常无法补办）；
  • 逾期未整改的，行政机关可强制拆除，费用由违建方承担。

2. 作为公共设施使用的特殊性

• 公共利益与违法性的冲突：即使违建被用于公共用途（如屋顶花园、健身设施），仍需先解决合法性问题。行政机关不会因“公共用途”免除处罚，但可能考虑社会效果在执行时给予一定宽限期。
• 整改方案：若违建结构安全、不影响消防等，可尝试通过以下方式合法化：
  • 申请补办规划许可（需符合规划要求，概率较低）；
  • 调整用途为配套设施（如物业用房），但需重新报批；
  • 委托第三方安全鉴定，证明无安全隐患，作为协商筹码。

3. 拆除或整改后的处理

• 拆除情形：若违建被强制拆除，作为公共设施使用的部分（如健身器材）需提前迁移，避免损失扩大。
• 整改情形：若保留部分结构，需明确：
  • 整改后的用途需符合规划；
  • 公共设施的管理责任方（如物业或业主委员会）需签订书面协议，明确维护义务；
  • 避免再次被认定为“新增违建”。

4. 法律责任与风险防范

• 违建方责任：即使未主动使用违建，所有权人仍需承担拆除费用及可能的行政罚款。
• 使用方责任：若公共设施由业主或物业使用，需确保：
  • 不扩大违建范围；
  • 不干扰相邻权人权益（如采光、通风）；
  • 定期检查结构安全，避免因设施问题引发侵权纠纷。

5. 实务建议

• 第一步：立即委托律师向规划部门申请听证，争取分类处理（如部分拆除、保留安全结构）；
• 第二步：同步与业主委员会协商，将合法部分通过业主大会决议纳入共有部分管理；
• 第三步：若必须拆除，提前制定公共设施迁移方案，减少损失。

提示：楼顶违建问题需兼顾行政合规与民生需求，建议尽早委托律师介入，通过行政复议或协商争取最优解决方案。如有具体案例，可提供违建面积、用途、规划条件等细节，进一步分析。