员工在持有合法医生开具的病假条且遵循单位请假流程的情况下，公司不应随意扣工资。不过，具体是否扣工资还需结合单位规章制度、劳动合同以及当地法律法规来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定保障病假工资
根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条规定，员工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。此费用可低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。例如，若当地月最低工资标准为2000元，则员工病假期间工资最低不得少于1600元。
二、医疗期与工资支付
医疗期是指员工因患病或非因工负伤停止工作治病休息，且在此期间单位不得解除劳动合同的时限。医疗期时长根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，范围从三个月到二十四个月不等。在医疗期内，员工享有病假工资的权益，公司不得随意克扣。
三、单位规章制度与劳动合同的影响
虽然法律规定了病假工资的基本标准，但具体执行还需参考单位规章制度和劳动合同中的相关条款。若单位有明确规定病假期间工资支付方式，且不违反法律法规，则应按此规定执行。因此，员工在入职时应仔细审查劳动合同，了解单位关于病假工资的具体规定。
四、病假条的合法性与请假流程的重要性
员工提供的病假条必须真实有效，且需符合单位的请假流程。若病假条存在伪造或未按流程请假的情况，单位有权不予认可，并可能按照旷工处理。因此，员工在请病假时，应确保病假条的真实性和合法性，并严格按照单位规定的流程进行请假。
五、单位违规扣工资的处理办法
若单位违反规定克扣病假期间工资，员工可采取以下措施维护自身权益：
总结与建议：
员工在病假期间应享有相应的工资待遇，公司不得随意克扣。为了确保自身权益，员工应了解并遵守单位规章制度和劳动合同中的相关规定，同时确保病假条的真实性和合法性。若遇单位违规扣工资情况，应及时采取措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。