结论：员工因扔垃圾时物料混入被罚款是否合法，需视具体情况而定，包括罚款的依据、程序以及罚款金额是否合理等因素。
一、罚款的合法性依据
公司规章制度：
- 如果公司有明确的规章制度，规定员工在处理垃圾时需确保物料不被混入，且该规章制度已经过合法程序（如职工代表大会讨论、公示等）制定并告知员工，那么员工违反此规定，公司有权依据规章制度进行罚款。
- 但需注意，规章制度的内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，且罚款的金额应当合理，不能过分高于实际损失或具有惩罚性。
劳动合同或相关协议：
- 如果劳动合同或相关协议中明确约定了员工在处理垃圾时的责任和义务，以及违反规定的后果（包括罚款），那么员工违反约定时，公司有权依据合同或协议进行罚款。
- 同样，合同或协议中的罚款条款也必须合法、合理。
二、罚款的程序要求
- 事先告知：公司在对员工进行罚款前，应当事先告知员工罚款的原因、依据和金额，确保员工对罚款有充分的了解。
- 听取陈述和申辩：公司应当给予员工陈述和申辩的机会，听取员工的意见和理由，确保罚款决定的公正性和合理性。
- 出具书面决定：公司应当出具书面的罚款决定，明确罚款的原因、依据、金额和缴纳方式等，以便员工查阅和执行。
三、罚款金额的合理性
- 罚款金额应当与实际损失相当：公司罚款的金额应当与员工因违反规定而给公司造成的实际损失相当，不能过分高于实际损失。
- 罚款金额不得具有惩罚性：罚款的目的应当是弥补损失，而不是惩罚员工。因此，罚款金额不得具有惩罚性，即不得过分高于实际损失以起到惩罚作用。
四、可能的法律后果
- 如果罚款合法：员工应当接受罚款决定，并按照决定缴纳罚款。如果员工拒绝缴纳罚款，公司有权依据规章制度或劳动合同采取相应的措施（如扣发工资、解除劳动合同等）。
- 如果罚款不合法：员工有权拒绝缴纳罚款，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司撤销罚款决定并赔偿因此造成的损失。
五、建议
- 对于员工：在处理垃圾时应当谨慎小心，确保物料不被混入。如果因疏忽大意而导致物料混入被罚款，可以与公司沟通协商，了解罚款的原因和依据，并表达自己的意见和理由。如果认为罚款不合法或不合理，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司：在制定规章制度和劳动合同时应当明确员工在处理垃圾时的责任和义务以及违反规定的后果。在对员工进行罚款时应当遵循合法、合理的原则，确保罚款决定的公正性和合理性。同时，应当给予员工陈述和申辩的机会，并出具书面的罚款决定。
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