职务侵占案件一旦由公安机关立案，公司通常不能直接撤案，但在特定法定情形下，司法机关会依法撤销案件。以下从刑事诉讼和民事诉讼两个维度为你详细分析：

刑事诉讼程序中

职务侵占罪属于公诉案件，一旦公安机关立案侦查，即代表国家公权力介入，案件的处理需遵循刑事诉讼程序，公司或个人通常无法自行决定撤案。不过，在特定情形下，司法机关会依法撤销案件，这些情形主要包括：

1. 情节显著轻微、危害不大：若经侦查发现，尽管存在职务侵占行为，但侵占数额极小，未达到职务侵占罪的立案标准（如根据相关司法解释，职务侵占数额需达三万元以上才应立案追诉），或行为的社会危害性极其轻微，不构成犯罪，此时公安机关可以撤销案件。
2. 犯罪已过追诉时效期限：《刑法》为不同犯罪行为规定了相应的追诉时效。若职务侵占行为发生后，已超过法定的追诉时效期限，则司法机关可撤销案件。例如，对于法定最高刑不满五年有期徒刑的犯罪行为，经过五年后将不再追诉。
3. 经特赦令免除刑罚：特赦是国家对特定犯罪人免除其刑罚全部或部分的执行。若职务侵占犯罪嫌疑人获得特赦令，司法机关将撤销案件。
4. 犯罪嫌疑人、被告人死亡：侦查过程中，若犯罪嫌疑人死亡，因其刑事责任具有人身专属性，无法继续刑事追究，公安机关应撤销案件。
5. 其他法律规定免予追究刑事责任的：若存在其他法律规定的免予追究刑事责任的特殊情形，司法机关亦会作出撤销案件的决定。

需注意的是，“依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉”这一情形不适用于职务侵占案件，因为职务侵占罪不属于告诉才处理的范畴。

民事诉讼程序中

在刑事诉讼之外，公司还可以选择通过民事诉讼程序追究侵占者的民事责任，要求其返还侵占的财物并赔偿损失等。作为原告，公司在诉讼过程中可根据自身意愿决定是否撤诉。只要符合法律规定的撤诉条件，法院通常会准许撤诉。例如，双方达成和解协议，侵占者同意返还财物并给予相应赔偿后，公司即可向法院申请撤诉。

然而，即便犯罪嫌疑人退还了侵占的财物，这也仅作为量刑时的一个考量情节，并不意味着案件能自动撤销。司法机关会全面考量犯罪的性质、具体情节、社会危害程度及犯罪嫌疑人的悔罪表现等因素，依法作出处理决定。

法律建议

针对职务侵占案件，建议你或公司尽早采取行动，积极配合司法机关的工作，提供相关证据和线索，以利于案件的顺利处理。同时，也警醒所有员工务必遵守法律法规及公司规章制度，切勿触碰法律红线。在处理此类案件时，应综合考虑刑事与民事两方面的法律途径，以期达到最佳的法律效果和社会效果。

如果你或公司在此过程中遇到任何法律问题，或有进一步的疑问，欢迎直接向我咨询，我会为你提供专业、全面的法律服务。