结论：单位在您做手术期间扣工资是否合法，需根据具体情况判断，主要包括是否属于工伤、是否享受医疗期及单位规章制度是否合法三个方面。

1. 若手术与工作相关，构成工伤

• 法律依据：根据《工伤保险条例》，职工因工作遭受事故伤害或患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
• 分析：若您的手术是由于工作原因导致（如操作机器受伤），则单位不得扣减工资。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊可适当延长，但需经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认。
• 建议：立即向单位申请工伤认定，并保留医疗证明、事故报告等证据。若单位拒绝，可向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。

2. 若手术与工作无关，但属于医疗期

• 法律依据：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息时，单位不得解除劳动合同，且需根据工作年限给予3-24个月的医疗期。在医疗期内，单位应按不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资或疾病救济费。
• 分析：若您的手术是由于个人疾病（如阑尾炎、胆囊炎等）导致，且处于医疗期内，单位扣减工资的行为可能违法。具体医疗期长度需根据您的实际工作年限确定。
• 建议：向单位提供医疗证明，明确医疗期时长及工资支付标准。若单位未按标准支付，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 若手术与工作无关，且超出医疗期或单位规章制度违法

• 法律依据：单位有权根据规章制度对员工进行管理，但规章制度需符合法律法规，且需经过民主程序制定并公示。若规章制度中关于扣减工资的规定违反法律强制性规定（如低于最低工资标准），则该条款无效。
• 分析：若您的手术与工作无关，且已超出医疗期，单位可能根据规章制度扣减工资。但若规章制度本身违法，或扣减幅度超过法定标准（如低于最低工资标准的80%），则单位的行为仍属违法。
• 建议：首先核查单位规章制度是否合法有效（如是否经过民主程序、是否公示等）。若规章制度违法，可向劳动监察部门举报；若合法但扣减幅度超标，可与单位协商或申请劳动仲裁。

总结与建议

• 立即行动：无论哪种情况，建议您首先与单位沟通，明确扣减工资的具体原因及依据。
• 保留证据：保留医疗证明、工资条、单位规章制度等关键证据，以备后续维权使用。
• 法律途径：若沟通无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。

温馨提示：劳动法律问题复杂多变，具体处理需结合个案事实及当地政策。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。