关于“商铺租金由甲方承担，乙方和收入是否合法”的问题，核心结论在于：合法性需依据具体合同条款及法律规定综合判断，以下从不同角度进行分析：
合同条款的合法性：
- 租金承担条款：若合同中明确约定商铺租金由甲方承担，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该条款合法有效。这意味着甲方有义务按照合同约定支付租金，乙方无需承担此费用。
- 收入合法性：乙方基于合同约定获得的收入（如经营收益、分成等），只要该收入来源合法，且合同中未对乙方收入进行非法限制或剥夺，则乙方的收入是合法的。
法律关系的合法性：
- 租赁关系：商铺租赁关系属于民事法律关系，只要双方意思表示真实，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，该租赁关系即合法有效。
- 收入分配：若合同中涉及收入分配条款（如乙方按比例分成等），只要该分配方式公平合理，且不违反法律、行政法规的强制性规定，则乙方的收入分配是合法的。
潜在风险与合规建议：
- 合同审查：在签订商铺租赁合同时，双方应仔细审查合同条款，确保租金承担、收入分配等关键条款合法合规，避免潜在的法律风险。
- 证据保留：双方应妥善保留与租赁关系相关的证据材料（如合同、付款凭证、收入记录等），以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
- 法律咨询：若对合同条款或法律关系存在疑问，建议及时咨询专业律师，以确保自身权益得到合法保护。
具体案例分析：
- 假设甲方与乙方签订了一份商铺租赁合同，合同中明确约定租金由甲方承担，乙方负责经营并享有经营收益。在此情况下，只要合同内容合法合规，乙方的经营收益即属于合法收入。
- 若合同中存在模糊条款或违法条款（如限制乙方合法收入、要求乙方承担非法费用等），则可能导致合同部分或全部无效，进而影响乙方的收入合法性。
法律建议：
- 在签订商铺租赁合同时，务必确保合同条款明确、合法、合规，避免使用模糊或违法的表述。
- 若发现合同中存在潜在的法律风险或问题，应及时与对方协商修改或寻求专业律师的帮助。
- 在租赁期间，双方应遵守合同约定，履行各自义务，确保租赁关系的稳定和合法。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。