农业用地被破坏，主要归县级以上人民政府自然资源主管部门和农业农村主管部门管理。以下从不同角度为您详细分析：
一、管理部门的职责
自然资源主管部门：
- 负责土地资源的管理与监督，包括农业用地。
- 有权查处非法占用、破坏耕地等与土地管理相关的问题。
- 若发现农业用地被破坏，该部门可责令破坏者限期改正或治理，并可并处罚款。
农业农村主管部门：
- 主要管理农业方面的事务，对农田的保护以及农业生产条件的维护承担着监管的责任。
- 若农业用地的破坏对农业生产产生影响，该部门可介入进行调查处理。
- 同样有权要求破坏者停止侵害、恢复原状，并可依据相关法律法规进行处罚。
二、法律后果与维权途径
法律后果：
- 民事责任：若他人故意或因过错毁坏农业用地，构成对土地承包经营权人财产权益的侵害。受损方有权要求侵权人承担停止侵害、恢复原状、赔偿损失等民事责任。
- 行政责任：依据《土地管理法》，破坏耕地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等责令改正或治理，可并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 刑事责任：如果毁坏农业用地数量较大，造成耕地大量毁坏，可能触犯《刑法》中的非法占用农用地罪。非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
维权途径：
- 向相关部门反映：发现农业用地被破坏后，应尽快向当地的自然资源主管部门或农业农村主管部门反馈情况，并提供相关证据，如农业用地被毁坏前后的照片、可能的破坏者信息等。
- 向公安机关报案：若农业用地被破坏的行为达到一定严重程度，如造成大量农业用地无法耕种等，可能涉嫌故意毁坏财物罪或非法占用农用地罪等刑事犯罪，此时应向公安机关报案。
- 提起民事诉讼：从民事角度，作为农业用地的合法使用人，可向人民法院提起民事诉讼，要求侵权人承担停止侵害、恢复原状、赔偿损失等民事责任。需注意收集保存好能证明农业用地原有状况、毁坏过程及造成损失等相关证据。
三、实际操作建议
- 及时取证：发现农业用地被破坏后，应立即拍照、录像，并尽可能收集破坏者的信息，以便后续维权。
- 选择合适部门：根据破坏的具体情况，选择向自然资源主管部门、农业农村主管部门或公安机关反映情况。
- 保留证据：在维权过程中，务必保留好所有相关证据，如照片、视频、土地权属证明、合同等，以便在需要时提供。
农业用地是农民的重要生产资料，其被破坏不仅影响农业生产，还可能对农民的生计造成严重影响。因此，一旦发现农业用地被破坏，应及时采取措施维护自身权益。如果您在农业用地被破坏的问题上遇到任何法律难题，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。