在交通事故中，当双方被认定为同等责任时，关于超过交强险的医疗费，保险公司的商业三者险承担的比例并不是一个固定的数值，而是需要根据事故的具体情况、双方的车辆类型以及保险条款来综合确定。以下是对此问题的详细解答：
一、基本原则
在交通事故双方负同等责任的情况下，医药费的承担首先需考虑交强险的赔付。交强险在责任限额内（通常医疗费用赔偿限额为1.8万元）进行赔偿。超出交强险限额的部分，则根据事故双方的车辆类型、保险情况以及具体责任划分来确定承担比例。
二、双方均为机动车的情况
交强险赔付：
- 双方机动车各自的交强险在责任限额内对对方的医疗费用进行赔付。
超出交强险部分：
- 超出交强险限额的医疗费用，双方按照50%的比例分别承担。这意味着，如果一方购买了商业三者险，那么其保险公司将根据保险条款，在商业三者险的保额内承担这50%中的相应部分。
三、一方为机动车，一方为非机动车或行人的情况
交强险赔付：
- 机动车一方的交强险需在医疗费用赔偿限额内对非机动车或行人的医疗费用进行赔付。
超出交强险部分：
- 根据《道路交通安全法》第七十六条，机动车一方通常承担60%-70%的赔偿责任，非机动车或行人承担30%-40%的责任。如果机动车一方购买了商业三者险，那么其保险公司将根据保险条款，在商业三者险的保额内承担这60%-70%中的相应部分。
四、商业三者险的具体承担比例
- 商业三者险的承担比例并不是固定的，而是根据保险条款来确定的。一般来说，保险公司会根据事故责任划分、保险金额以及免赔率等因素来综合计算赔付金额。
- 在同等责任的情况下，如果双方都是机动车，且都购买了商业三者险，那么各自保险公司将根据保险条款，在商业三者险的保额内承担超出交强险部分50%的赔付责任。
- 如果一方是机动车且购买了商业三者险，另一方是非机动车或行人，那么机动车一方的保险公司将根据保险条款，在商业三者险的保额内承担超出交强险部分60%-70%的赔付责任（具体比例根据地区和实际情况可能有所不同）。
五、建议与注意事项
- 由于交通事故同等责任下医药费的支付问题相对复杂，建议遇到此类问题的当事人及时咨询专业的律师或法律机构，以便得到更准确的法律建议和帮助。
- 在处理交通事故时，应保留好相关证据，如医疗费用发票、事故责任认定书等，以便在需要时提供证明。
- 如果双方对医药费的分担存在争议，可以通过协商、调解或诉讼等方式来解决。
综上所述，在交通事故双方负同等责任的情况下，超过交强险的医疗费由保险公司的商业三者险承担的比例并不是固定的，而是需要根据事故的具体情况、双方的车辆类型以及保险条款来综合确定。