员工在职期间，公司让签订离职申请是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律角度

根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者解除劳动合同需遵循法定程序。具体来说，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这一规定明确了劳动者解除劳动合同的主动权和程序要求，公司无权单方面要求员工签订离职申请。若公司以欺诈、胁迫等手段迫使员工签订离职申请，该申请将因违背员工真实意愿而无效。

实际操作角度

在实际操作中，公司要求员工签订离职申请可能涉及多种不当动机，如规避经济补偿责任、调整人员结构等。然而，无论公司动机如何，要求员工签订离职申请的行为都违反了法律规定，损害了员工的合法权益。员工有权拒绝公司的无理要求，并保留继续工作的权利。

员工应对策略

面对公司要求签订离职申请的情况，员工可以采取以下措施维护自身权益：

1. 拒绝签署：员工应明确拒绝公司的无理要求，表明自己不愿签署离职申请的态度。
2. 保留证据：员工应妥善保存与公司的沟通记录、工作证明等相关证据，以备不时之需。
3. 寻求法律帮助：若公司采取进一步侵害员工权益的行为，如克扣工资、不发工资等，员工可以依法向劳动仲裁机构提出申诉，或向上一级主管部门进行投诉，甚至申请相应的赔偿。

可能的法律后果

若公司坚持要求员工签订离职申请，并采取不当手段迫使员工就范，将可能面临以下法律后果：

1. 劳动仲裁败诉：若员工向劳动仲裁机构提出申诉，公司可能因违反法律规定而败诉，需承担相应的法律责任。
2. 行政处罚：劳动行政部门可能对公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
3. 民事赔偿：若公司行为给员工造成经济损失，员工有权要求公司进行民事赔偿。

建议：员工在职期间应增强法律意识，了解自己的合法权益。面对公司的不当要求时，要勇敢站出来维护自己的权益。若遇到法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。