三年前有大额逾期但已还清，是否能申请房贷，需分情况讨论：
一、商贷情况
一般情况下，商贷大概率可以通过。银行在审批房贷时，会综合考虑申请人的信用记录、收入状况、负债情况等多个因素。虽然您三年前有过大额逾期，但已经还清，且如果目前收入稳定、负债合理，那么商贷的审批通过率是比较高的。不过，具体审批结果还需根据对接银行的房贷经理的评估来确定。
二、公积金房贷情况
公积金房贷的审批相对更为严格，各地公积金中心对征信的要求可能有所不同，但大致可以分为以下几种情况：
5年内不能连三累六：即五年内不能有连续三个月逾期或累计六次逾期的情况。如果您的逾期记录符合这个标准，那么公积金房贷的审批通过率会相对较高。
2年内不能连三累六：部分公积金中心要求更为严格，规定两年内不能有连续三个月逾期或累计六次逾期的情况。如果您的逾期记录发生在这个时间段内，可能会对公积金房贷的审批产生一定影响。
2年内不能连三累六，但5年不能累计逾期超过12-15次：这是另一种较为常见的标准，既考虑了近期的信用状况，也兼顾了长期的信用历史。如果您的逾期记录符合这个标准，那么公积金房贷仍有可能通过审批。
针对您的情况：
三、建议与注意事项
打印详细版征信报告：详细版的征信报告可以更全面地反映您的信用状况，有助于银行或公积金中心更准确地评估您的房贷申请。
与销售或房贷经理沟通：在申请房贷时，与销售或房贷经理保持密切沟通，了解审批进度和可能存在的问题，及时提供所需的材料和解释。
考虑备选方案：如果公积金房贷审批不通过，可以考虑申请商贷。商贷的审批标准相对较为宽松，且利率和还款方式也较为灵活。
最后，如果您在房贷申请过程中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。我会根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。