判决书中确实应当对双方证据进行说明，包括采纳的理由和不采纳的理由。这是判决书说理性的重要体现，也是确保司法公正、透明的基本要求。以下从多个角度对此进行详细分析：
一、法律依据与司法实践
法律依据：
- 根据我国《民事诉讼法》及相关司法解释的规定，法院在作出判决时，应当对当事人提交的证据进行审查，并根据审查结果认定案件事实。这一过程中，法院需要明确说明哪些证据被采纳，哪些证据未被采纳，以及采纳或不采纳的具体理由。
- 判决书的说理性是司法公正的重要体现。一份好的判决书，不仅应当明确判决结果，还应当详细阐述判决的理由和依据，包括证据的采纳与不采纳情况。
司法实践：
- 在司法实践中，判决书通常都会包含对双方证据的说明部分。法院会逐一分析当事人提交的证据，评估其真实性、合法性和关联性，然后根据评估结果决定是否采纳。
- 对于被采纳的证据，法院会说明其如何支持案件事实；对于未被采纳的证据，法院则会解释其未被采纳的原因，如证据不足、与案件事实无关或存在其他瑕疵等。
二、判决书说理性的重要性
保障当事人知情权：
- 当事人有权了解法院为何采纳或不采纳其提交的证据。通过判决书中的证据说明部分，当事人可以清晰地看到法院对证据的审查过程和结果，从而更好地理解判决的依据和理由。
增强司法公信力：
- 判决书的说理性是增强司法公信力的重要手段。当法院在判决书中详细阐述证据的采纳与不采纳情况时，公众可以更加信任法院的判决结果，认为法院是公正、透明的。
促进法律适用统一：
- 通过判决书中的证据说明部分，法院可以展示其如何运用法律规则来审查证据和认定事实。这有助于促进法律适用的统一性，减少同类案件中的判决差异。
三、实际操作中的注意事项
全面审查证据：
- 法院在审查证据时，应当全面、客观地评估证据的真实性、合法性和关联性。不得遗漏或忽视任何一方当事人提交的证据。
详细阐述理由：
- 对于采纳或不采纳的证据，法院应当在判决书中详细阐述理由。理由应当充分、合理，能够说服当事人和公众。
避免模糊表述：
- 判决书中的证据说明部分应当避免使用模糊、笼统的表述。应当明确指出证据的名称、来源、内容以及采纳或不采纳的具体原因。
四、可能存在的例外情况
虽然判决书中通常应当对双方证据进行说明，但在某些特殊情况下，可能存在例外。例如，当案件涉及国家秘密、个人隐私等敏感信息时，法院可能会对部分证据的说明进行适当限制。然而，这种情况并不常见，且法院在限制说明时应当遵循法律规定的程序和要求。
总结与建议：判决书中对双方证据的说明是司法公正、透明的重要体现。作为当事人或法律从业者，在审阅判决书时，应当重点关注证据说明部分，以了解法院对证据的审查过程和结果。如果对判决书的证据说明部分存在疑问或不满，可以通过合法途径提出异议或上诉。如果您在合同纠纷或建设工程领域遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律意见。