结论：在车辆上好牌照但营运证迟迟未下来的情况下，是否可以起诉挂靠公司，取决于挂靠公司是否存在违约行为或违法行为，以及这些行为是否直接导致了营运证未能及时办理。若挂靠公司存在过错，您有权通过法律途径维护自身权益，包括起诉挂靠公司。
分析：
挂靠公司的责任：
- 挂靠公司作为与您签订挂靠协议的一方，有义务按照协议约定为您办理相关营运手续，包括营运证的申请。
- 如果挂靠公司未能履行其义务，导致营运证迟迟未下来，且这种延误是由于挂靠公司的过错（如疏忽、故意拖延、未提交必要材料等）造成的，那么挂靠公司应承担相应的违约责任。
起诉的依据：
- 您可以依据与挂靠公司签订的挂靠协议，以及相关法律法规（如《合同法》中关于违约责任的规定），来主张挂靠公司的违约责任。
- 如果挂靠公司的行为还涉及违法（如伪造文件、行贿等），您还可以向相关部门举报，并考虑通过刑事诉讼途径维护自身权益。
起诉前的准备：
- 在决定起诉前，您应收集相关证据，包括挂靠协议、与挂靠公司的沟通记录、营运证申请的相关材料等，以证明挂靠公司的过错。
- 您还可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和诉讼策略，以提高胜诉的可能性。
可能的法律后果：
- 如果法院认定挂靠公司存在违约行为，您可能获得包括赔偿损失、继续履行合同（如办理营运证）等在内的法律救济。
- 同时，挂靠公司还可能面临行政处罚或刑事责任，具体取决于其违法行为的性质和严重程度。
建议：
- 在决定起诉前，先尝试与挂靠公司进行协商，看是否能够通过友好方式解决问题。
- 如果协商无果，且您确信挂靠公司存在过错，那么可以考虑通过法律途径维护自身权益。
- 在整个过程中，保持与律师的密切沟通，确保您的权益得到充分保护。
后续行动：
- 如果您决定起诉挂靠公司，建议尽快咨询专业律师，并准备相关证据材料。
- 律师将帮助您分析案情、制定诉讼策略，并代表您进行诉讼活动。
有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。