商店在诈骗案件中的权益可以通过以下方式保护：
一、商店的合法交易地位
商店与诈骗者之间的交易，若商店在交易过程中并不知情，且交易价格合理、手续合法，那么商店作为善意第三人，其合法权益应受到保护。在这种情况下，商店没有义务去核实每一笔交易的款项来源是否合法，除非有明显的迹象表明交易存在异常。
二、商店的应对措施
配合调查：
- 当公安机关找到商店，调查诈骗款项的去向时，商店应积极配合调查，提供相关的交易记录和证据。
- 商店有权要求公安机关出示合法的调查手续，并确保调查过程合法合规。
保留证据：
- 商店应妥善保留与诈骗者的交易记录，包括销售凭证、收据、监控录像等。
- 这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用，有助于证明商店的合法交易地位。
法律维权：
- 如果商店因诈骗案件而遭受了经济损失，如商品被非法获取或款项被冻结等，商店可以通过法律途径维权。
- 商店可以向公安机关报案，要求追究诈骗者的刑事责任，并同时提起民事诉讼，要求诈骗者赔偿经济损失。
三、商店可能面临的法律风险及防范
善意取得的风险：
- 虽然商店作为善意第三人，其合法权益应受到保护，但在某些情况下，如果商店明知或应知交易款项来源非法，仍进行交易，可能面临善意取得不成立的风险。
- 因此，商店在交易过程中应保持警惕，对异常交易进行必要的核实和询问。
协助犯罪的风险：
- 如果商店在明知或应知诈骗行为的情况下，仍为诈骗者提供便利或协助，可能构成共同犯罪或协助犯罪。
- 商店应严格遵守法律法规，不得参与或协助任何违法犯罪活动。
四、具体建议
- 加强内部管理：商店应建立健全的内部管理制度，对交易过程进行严格监控和记录，确保交易的合法性和合规性。
- 提高法律意识：商店应定期组织员工进行法律培训，提高员工的法律意识和风险防范能力。
- 及时咨询律师：如果商店在诈骗案件中遇到法律问题或困惑，应及时咨询专业律师，获取专业的法律意见和帮助。
总结来看，商店在诈骗案件中的权益保护需要商店自身积极配合调查、保留证据、法律维权，并加强内部管理和提高法律意识。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。