建设工程发包人与承包人约定用建设工程抵偿建设工程价款，这一约定本身并不能阻碍法院对该建设工程的强制执行。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、工程价款优先受偿权的性质与影响
根据《民法典》第八百零七条，承包人享有工程价款优先受偿权，这是一种法定优先权，其性质优于抵押权，更优于一般债权。然而，这种优先受偿权并不足以排除法院对建设工程的强制执行。它主要影响的是执行标的在处置后，对价款进行分配的顺序问题。也就是说，承包人可以在执行程序中参与案款分配，并主张其优先权，但并不能阻止法院对建设工程的强制执行。
二、法院执行建设工程的法律依据与程序
法律依据：
- 《民法典》第八百零七条：发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
- 《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第二条：人民法院可以查封、扣押、冻结被执行人占有的动产、登记在被执行人名下的不动产、特定动产及其他财产权。
执行程序：
- 债权人（承包人）向法院申请强制执行。
- 法院对建设工程进行查封、评估、拍卖等执行措施。
- 执行所得款项首先用于清偿工程款债务，如有剩余则退还被执行人；如不足则继续执行被执行人的其他财产。
三、承包人如何保障自身权益
虽然承包人不能基于工程价款优先受偿权阻止法院的强制执行，但其在执行程序中仍有一定的权益保障措施：
- 参与案款分配：承包人可以在执行程序中参与案款分配，并主张其优先受偿权。
- 申请预留工程价款：执行法院在处理执行标的变价款前，应对承包人的建设工程价款予以预留，以保护其合法权益。
- 通过诉讼程序确认优先受偿权：如果承包人尚未取得建设工程优先受偿权的执行依据，可以通过诉讼程序取得优先受偿权的执行依据，以便在执行程序中更好地主张自身权益。
四、特殊情况下的考虑
- 案外人异议：如果在建工程涉及其他权利人的利益（如购房者的预售房款权益），这些权利人可能提出执行异议。法院需要审查异议是否成立，并据此决定是否中止或调整执行措施。
- 社会稳定考量：由于在建工程往往涉及大量购房者和施工人员的利益，法院在执行时需要充分考虑社会稳定因素，避免引发群体性事件。
总结与建议：
建设工程发包人与承包人约定用建设工程抵偿建设工程价款，并不能阻碍法院对该建设工程的强制执行。承包人应了解自身权益的保障措施，并在执行程序中积极参与案款分配、申请预留工程价款或通过诉讼程序确认优先受偿权。如果遇到复杂情况或争议，建议直接向我咨询，以便获得更具体的法律建议。