货主没付清货款扣押车辆一般是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律角度

1. 所有权与占有权分离：

   • 车辆的所有权通常归属于车主，而非货主。货主与车主之间可能存在货物运输合同关系，但这并不赋予货主扣押车辆的权利。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权的取得和行使，应当遵守法律，尊重社会公德，不得损害公共利益和他人合法权益。货主扣押车辆的行为，可能侵犯了车主的财产权。

2. 合法救济途径：

   • 如果货主认为车主未履行合同义务（如未付清货款），应当通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
   • 货主可以依据合同约定或相关法律规定，向车主主张权利，要求其支付货款或承担违约责任，但无权直接扣押车辆。

实际操作角度

1. 扣押车辆的后果：

   • 扣押车辆可能导致车主无法正常使用车辆，进而影响其生产经营或日常生活，造成不必要的损失。
   • 如果扣押行为被认定为非法，货主可能面临法律责任，包括赔偿车主因此遭受的损失。

2. 建议操作方式：

   • 货主在发现车主未付清货款时，应首先与车主进行沟通，了解原因并协商解决方案。
   • 如果协商无果，货主可以依据合同约定或相关法律规定，通过法律途径维护自己的权益，如向法院提起诉讼或申请仲裁。

特殊情况考虑

• 留置权行使：虽然在某些情况下，债权人可能享有留置权，即有权留置债务人的动产以担保其债权的实现。但留置权的行使需要满足严格的法律条件，如留置物与债权属于同一法律关系、留置物不违反公序良俗等。在货主与车主的货物运输合同关系中，除非合同明确约定或法律另有规定，否则货主一般不享有留置车辆的权利。

法律建议：

• 如果您是货主，发现车主未付清货款，请不要擅自扣押车辆。建议您通过合法途径解决纠纷，以维护自己的权益并避免不必要的法律风险。
• 如果您是车主，发现货主扣押了您的车辆，您可以要求货主立即返还车辆，并可以通过法律途径维护自己的财产权。

总之，货主没付清货款扣押车辆的行为一般是不合法的。在处理此类纠纷时，请务必遵守法律法规，通过合法途径解决争议。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。