当案件已经立案但发现与事实不符时，不同主体应采取不同的处理方式。以下是从原告、被告、法院三个角度的详细分析：
一、原告角度
举证期限内：
- 若原告察觉到自己主张的事实存在错误，且仍处于举证期限内，可及时变更诉讼请求，或者对证据进行补充、修正，以确保自己的主张契合实际情况。例如，在借款纠纷中，若原告发现借条上的借款金额与实际转账金额存在出入，可在举证期限内提交转账记录等证据进行修正。
举证期限届满后：
- 若已过了举证期限，原告仍可向法院申请延期举证，说明因客观原因未能及时发现事实错误，并提交相关证据。法院将根据实际情况决定是否准许延期举证。
庭审过程中：
- 若在庭审过程中才发现问题，原告同样可以当庭说明情况，申请补充相关证据。但需注意，若原告是故意进行虚假陈述，可能会面临不利后果，如被法院处以罚款、拘留等处罚。
二、被告角度
答辩状中阐述观点：
- 若被告觉得立案事实与实际情况不符，可在答辩状里清晰阐述自己的观点，指出原告主张的事实错误，并提交相关证据进行反驳。
庭审中积极举证：
- 在庭审过程中，被告应积极拿出证据进行反驳，以证明真实的情况。例如，在合同纠纷中，若被告认为原告主张的合同条款与实际履行情况不符，可提交合同履行过程中的相关证据进行证明。
申请重新调查核实：
- 若被告掌握了新的证据，且这些证据足以推翻原立案事实，就可以向法院申请重新调查核实案件情况。法院将根据实际情况决定是否进行重新调查。
三、法院角度
依职权查明事实：
- 法院在审理案件期间，若发现立案事实和实际情况存在差异，会主动依职权进一步查明事实真相。例如，法院可能会要求当事人补充证据、询问证人或进行现场勘验等。
根据查明情况作出裁判：
- 法院将根据查明的实际情况作出公正的裁判。若立案事实与实际情况严重不符，且影响案件公正审理的，法院可能会裁定驳回起诉或作出其他相应处理。
针对不同诉讼类型的特别提示：
- 民事诉讼：当事人应及时联系受案法院，提交书面更正申请，详细说明不符之处与正确情况，并附上证据。法院会依情况决定是否修改立案内容。
- 刑事诉讼：报案人若发现内容不实，应主动向公安机关说明情况。若因认识错误导致偏差，通常无严重后果；若故意虚假报案，则可能承担法律责任。
- 行政诉讼：当事人需尽快向法院反映问题，配合调查核实，提供准确信息与证据，以助于法院公正裁判。
总结与建议：
在处理立案后与事实不符的问题时，各方应保持高度警惕，遵循法定程序。原告应及时变更或补充证据；被告应积极举证反驳；法院应依职权查明事实并作出公正裁判。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。