《保障农民工工资支付条例》可以在民事诉讼中作为判决的依据，但并非直接作为唯一的判决依据，而是作为重要的参考和辅助依据。以下从不同角度为您详细分析：
一、条例的法律性质与地位
《保障农民工工资支付条例》是我国为保障农民工工资支付而制定的行政法规，具有法律效力。在民事诉讼中，虽然直接的法律适用依据主要是民事法律（如《民法典》等），但行政法规作为法律体系的重要组成部分，其规定的内容往往与民事法律相衔接，共同构成完整的法律规范体系。因此，在涉及农民工工资支付的民事诉讼中，该条例的相关规定可以作为法院裁判的参考和辅助依据。
二、条例在民事诉讼中的具体应用
事实认定辅助：
- 在民事诉讼中，法院需要查明事实，以作出公正的裁判。该条例中关于工资支付的具体规定，如支付方式、支付时间、支付主体等，可以为法院认定事实提供重要的参考。例如，如果条例规定工资应当按月支付，而用人单位未遵守这一规定，法院在认定用人单位是否存在拖欠工资行为时，可以依据条例的规定进行判断。
法律适用补充：
- 在某些情况下，民事法律可能未对某些具体问题作出明确规定，或者规定较为原则性。此时，该条例中的具体规定可以填补法律空白，为法院提供更为明确的裁判依据。例如，关于农民工工资支付的特殊规定，如优先支付原则等，可以在民事诉讼中作为法院裁判的补充依据。
证明责任分配：
- 在涉及农民工工资支付的民事诉讼中，证明责任的分配往往是一个关键问题。该条例中关于用人单位应当保存工资支付记录等规定，可以影响证明责任的分配。如果用人单位未按照条例规定保存相关记录，导致无法证明其已支付工资，那么用人单位可能需要承担不利的法律后果。
三、注意事项
条例与民事法律的协调：
- 虽然该条例可以在民事诉讼中作为判决的参考和辅助依据，但法院在裁判时仍需以民事法律为主要依据。条例的规定不得与民事法律相抵触或冲突。如果条例的规定与民事法律存在不一致之处，法院应当优先适用民事法律的规定。
条例的具体适用范围：
- 该条例主要规范的是农民工工资支付问题，其适用范围相对特定。在涉及其他类型的劳动争议或民事纠纷时，条例的规定可能无法直接适用。因此，在民事诉讼中引用条例时，需要注意其具体适用范围。
四、建议
- 充分准备证据：在涉及农民工工资支付的民事诉讼中，无论是农民工还是用人单位，都应当充分准备相关证据，以证明自己的主张。这包括工资支付记录、劳动合同、工作证等。
- 了解并引用条例：在诉讼过程中，当事人可以了解并引用《保障农民工工资支付条例》的相关规定，以支持自己的主张或反驳对方的主张。但同时也要注意条例与民事法律的协调和具体适用范围。
- 寻求专业法律帮助：由于法律问题的复杂性和专业性，建议当事人在涉及农民工工资支付的民事诉讼中寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况为当事人提供更为全面和准确的法律建议。
有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更为详细和准确的法律建议。