员工通过企业微信提交离职，在符合一定条件下是具有法律效力的。以下是对此问题的详细分析：
一、企业微信离职的法律性质与效力
法律性质：企业微信作为企业内部沟通协作的工具，员工通过其提交离职申请，本质上属于电子数据形式的意思表示。根据相关法律法规，电子数据在一定条件下可以视为书面形式，因此，企业微信上的离职申请在法律上具有一定的效力。
法律效力：虽然《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条规定劳动者需提前三十日以“书面形式”通知用人单位，但并未明确排除电子数据形式。如果企业微信上的离职申请内容清晰、明确，并发送给了有接收权限的用人单位相关负责人，且双方对此无异议，那么该离职申请可以视为有效。然而，为确保离职行为的法律效力和避免纠纷，劳动者仍应尽可能遵循劳动合同法规定的书面形式提交辞职报告，并与用人单位进行协商和办理离职手续。
二、确保企业微信离职有效性的建议
明确表达离职意愿：员工在企业微信上提交离职申请时，应确保内容真实、清晰、完整，明确表达离职的意愿，并包含预计离职时间等关键信息。
保留证据：无论是通过企业微信还是其他方式提出离职，员工都应保留好相关聊天记录、邮件等证据，以证明自己提出离职的时间和具体内容，避免日后产生纠纷。
与用人单位协商：提交离职申请后，员工应与用人单位积极沟通，协商离职事宜，包括工作交接、工资结算等。这是确保离职过程顺利进行的重要步骤。
三、特殊情况下的考虑
公司规定：如果公司有明确的规章制度规定了辞职必须采用的书面形式和特定审批流程，而员工仅通过企业微信提交离职申请，可能不符合公司内部规定，从而引发争议。在这种情况下，用人单位可能会认为离职申请不合法、不合规。因此，员工在提交离职申请前，应了解并遵守公司的相关规定。
证据的真实性和完整性：微信作为电子通讯工具，其信息的真实性和完整性有时可能受到质疑。例如，聊天记录可能被篡改、删除或无法证明聊天双方身份。因此，用人单位在接收到员工的微信离职申请后，应做好相关证据的留存工作，如截图、公证等，以确保证据的真实性和完整性。
总结与建议：
虽然企业微信申请离职在符合特定条件下可以视为具有法律效力，但为确保自己的权益得到保障，劳动者在提出离职时仍应尽量采用书面形式，并遵循法定程序和用人单位的规定办理离职手续。同时，保留好相关证据也是非常重要的。如果员工对企业微信离职的效力或程序有任何疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。