核心前提：员工已请长假且假期到期，但因特殊原因需晚两天上班。

结论与建议：

1. 及时沟通并说明原因
   首先，应尽快与直属上级或人力资源部门取得联系，如实告知晚两天到岗的具体原因（如突发疾病、家庭紧急事务、交通延误等），并表达积极返岗的意愿。根据《劳动合同法》第三条，劳动者与用人单位应遵循诚实信用原则，主动沟通可降低被认定为“旷工”的风险。

2. 确认公司规章制度
   需核查公司《员工手册》或相关制度中关于请假延期、旷工认定及处罚的规定：

   • 若制度允许“事前审批的延期申请”，可补交书面申请（如邮件、OA流程）；
     
   • 若制度明确“未经批准的缺勤视为旷工”，则需强调延期原因的不可抗力性（如突发疾病需提供医院证明），争取免除或减轻处罚。
     法律依据：《劳动合同法》第四条，用人单位规章制度需经民主程序制定并公示，否则不得作为处罚依据。

3. 保留证据以防纠纷
   无论沟通结果如何，均需留存与公司的沟通记录（如微信、邮件、通话录音）及证明延期原因的材料（如病历、交通票据）。若公司后续以“旷工”为由解除合同，这些证据可用于主张公司违法解除，要求支付赔偿金（2N倍月工资）。

4. 特殊情况处理

   • 医疗期情形：若延期因患病，且仍在法定医疗期内（根据工作年限，3-24个月不等），公司不得解除合同，需安排病假或调整岗位。
     
   • 不可抗力情形：如自然灾害导致无法返岗，可主张免责，但需提供政府公告等证明。

风险提示：若未沟通且无合理理由，公司可能按旷工处理（连续旷工3天或累计旷工5天以上，部分公司可解除合同）。建议优先通过协商解决，避免矛盾升级。

如有进一步细节（如公司态度、延期原因性质），可继续向我咨询具体应对方案。